tag:blogger.com,1999:blog-55917192141195735902024-03-05T16:16:45.515+09:00田口英樹のサプリメント蛋白質科学者がつづる、シャペロン、フォールディング、「新生鎖の生物学」、「多面的蛋白質世界」など・・・にまつわる補足情報。田口 英樹(東工大・研究院/生命理工)http://www.blogger.com/profile/04178909505454562195noreply@blogger.comBlogger125125tag:blogger.com,1999:blog-5591719214119573590.post-82139743100412268822024-02-17T13:08:00.003+09:002024-02-17T23:30:38.880+09:00憧れの「Anfinsen」さんとのツーショット<p> 前回のブログで、米国土産で作った「セントラルドグマ」を披露したが、その後さらに少し「拡張」していたのだった。</p><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiVjr1XdrmP80Ee4uNapFZh7KES822RlMRGG46_hENas-wyjRCdcdad5bxzlXoi1i5BNBl-25oAKn3AdbKcZ8QJy7GjVbCvnNXyOPL3VfJaIwwZd_RcJkvn5aHwZl0iGBbZT8XLbo1gr_xivBBUfAKVYNkiKL_kG6IpcCzCQ5_YBK5-e1-FptEFNWANbq8/s1234/20240117centraldogma_rbs_cpn1.jpeg" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="979" data-original-width="1234" height="318" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiVjr1XdrmP80Ee4uNapFZh7KES822RlMRGG46_hENas-wyjRCdcdad5bxzlXoi1i5BNBl-25oAKn3AdbKcZ8QJy7GjVbCvnNXyOPL3VfJaIwwZd_RcJkvn5aHwZl0iGBbZT8XLbo1gr_xivBBUfAKVYNkiKL_kG6IpcCzCQ5_YBK5-e1-FptEFNWANbq8/w400-h318/20240117centraldogma_rbs_cpn1.jpeg" width="400" /></a></div><br /><p>リボソームやシャペロン(シャペロニンGroEL/ES複合体)の3Dプリンタ模型があったのでそれを置いたのだ。</p><p>さて、私の専門分野は、タンパク質がリボソームでポリペプチド鎖として産まれてきてから立体構造形成(フォールディング)するところである。このタンパク質フォールディングに関しては、「<b>アミノ酸配列がタンパク質の立体構造を決定する</b>」というタンパク質科学の前提となる基本原理がある。この基本原理は「タンパク質は自発的にフォールディングする」、「タンパク質は自由エネルギー最小の構造にフォールディングする」などさまざまな言い換えがあるが、本質は同じだ。まとめて、<b>Anfinsenのドグマ</b>と呼ばれている。</p><p>このドグマの確立に貢献した実験は1950〜60年代に行われた今考えるとシンプルな実験である。尿素で完全に変性させた酵素タンパク質(RNase)を透析したら変性前と全く同じ酵素活性になったことが証明されたのだ。この実験を主導して行ったのがChristian AnfinsenだったのでAnfinsenのドグマと呼ばれるようになった。</p><p>前置きが長くなったが、NIHの本館のようなビルの展示コーナーで予期せず、「Anfinsen」さんに遭遇した。Anfinsenは長らくNIHで研究していて、1950年代ころからタンパク質は自発的にフォールディングするということを実験で証明したのだ(その功績で1972年にノーベル化学賞を受賞)。</p><p>思わず嬉しくなって「ツーショット」を撮ったのが以下の写真だ。</p><p></p><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiCxRxVW70-KWZao6i-saIxV88NzYqIfNLfTfHyyh35fGZPnGvjpLEJhIb7fLW-2_-XtrzhHZ1OSBX0frt10SzeiCVfzMDY4NQ7gwVZs7H-578PFoCx2jEXVHLc_pQgR4NzDtvol0a8SHNJMFHNB5kghFRk5VNJoTKnkE8ofyiOR1c0mFWQ9prygelKp94/s2128/taguchi_NIH202303.jpg" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="1621" data-original-width="2128" height="244" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiCxRxVW70-KWZao6i-saIxV88NzYqIfNLfTfHyyh35fGZPnGvjpLEJhIb7fLW-2_-XtrzhHZ1OSBX0frt10SzeiCVfzMDY4NQ7gwVZs7H-578PFoCx2jEXVHLc_pQgR4NzDtvol0a8SHNJMFHNB5kghFRk5VNJoTKnkE8ofyiOR1c0mFWQ9prygelKp94/w320-h244/taguchi_NIH202303.jpg" width="320" /></a></div><br /><p></p><div class="separator" style="clear: both; text-align: justify;"><span style="text-align: left;">このAnfinsenコーナーでは、彼の功績が、実際に使っていたカラムやタンパク質模型などと共に展示されていた。</span></div><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><br /></div><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><br /></div><blockquote style="border: none; margin: 0px 0px 0px 40px; padding: 0px;"><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><br /></div></blockquote><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEigG0mk9HgxEIse3dNkDozwhowaoE57adLPeMPcj9L8rYpXBHeWwiNi9pGCmCsVmTHWupL71hJ2PFY76xZan2EkxW22hlowlJkqb2msAvB11LVLeWQWyGB10vSNpYEGyUV85ppn25Zt-I0JT_sVUpM59j4qkfiYGyXSiJwbFybgbjzoVghCC4d3U6h_x2c/s4032/NIH_anfinsen_corner.jpg" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="2268" data-original-width="4032" height="225" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEigG0mk9HgxEIse3dNkDozwhowaoE57adLPeMPcj9L8rYpXBHeWwiNi9pGCmCsVmTHWupL71hJ2PFY76xZan2EkxW22hlowlJkqb2msAvB11LVLeWQWyGB10vSNpYEGyUV85ppn25Zt-I0JT_sVUpM59j4qkfiYGyXSiJwbFybgbjzoVghCC4d3U6h_x2c/w400-h225/NIH_anfinsen_corner.jpg" width="400" /></a></div><br /><div><br /></div>何度も出しているセントラルドグマにおけるAnfinsenドグマの位置付けを示すと以下のようになる。<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><br /></div><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEj0KTizxeZq_iwZa-s_druNRhw7G7wsy9l0XdLpdaAPxCi7OKYuKMvx0ElbNJWQAzNuOScwaLAP93VGHQ3xeZ6pbjX_5c1PX6Ay93OKMullVhxTw6jK6IHr9WmHgxQAZokNTVwgm8WwG6lQvwJ0ErjQaZLMTEMQ997kS2gMCJJc0EDxGkMogiiu8rmgflE/s958/Anfinsen_central_dogma.jpg" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="652" data-original-width="958" height="272" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEj0KTizxeZq_iwZa-s_druNRhw7G7wsy9l0XdLpdaAPxCi7OKYuKMvx0ElbNJWQAzNuOScwaLAP93VGHQ3xeZ6pbjX_5c1PX6Ay93OKMullVhxTw6jK6IHr9WmHgxQAZokNTVwgm8WwG6lQvwJ0ErjQaZLMTEMQ997kS2gMCJJc0EDxGkMogiiu8rmgflE/w400-h272/Anfinsen_central_dogma.jpg" width="400" /></a></div><br /><div>さて、実は私が大学院で研究を始めた1989年春、恩師の吉田賢右先生が提示してくれたのが、</div><div><br /></div><div style="text-align: center;">(Anfinsenの)<b>ドグマは本当か。</b></div><div><br /></div><div>である。そのときの配付資料をもっているので載せてみる。</div><div><br /></div><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgx1NU89OcCgUl1I8-Bt5iX2vubK4anssWtYf91kvGps-vR_1BhGKMElSNPw4zHOFo-xJuKdBIDJrI-F3q636dlZ0iUgwgaz6ivjUr5MJ2T8zrynkMYwmN5Fda1vhGe_yxwGt72ZmFIu-LG24m8W4ntsokvflh1ycFpEjmz6gr5N07Qtq1DrIEpjRFNvVM/s2113/1989_new_project_yoshida.jpg" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="1730" data-original-width="2113" height="328" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgx1NU89OcCgUl1I8-Bt5iX2vubK4anssWtYf91kvGps-vR_1BhGKMElSNPw4zHOFo-xJuKdBIDJrI-F3q636dlZ0iUgwgaz6ivjUr5MJ2T8zrynkMYwmN5Fda1vhGe_yxwGt72ZmFIu-LG24m8W4ntsokvflh1ycFpEjmz6gr5N07Qtq1DrIEpjRFNvVM/w400-h328/1989_new_project_yoshida.jpg" width="400" /></a></div><div><br /></div>つまり、タンパク質の可逆的変性ー再生(フォールディング)をHsp(熱ショックタンパク質)が助けている可能性が出てきたので、Hsp研究を始めよう、というものだった。<div>シャペロンという言葉が使われていないことからもわかるが、セントラルドグマに従ってタンパク質ができると、後は勝手に(自発的に)フォールディングするのだから、今でいうシャペロン的な存在は当時想定されていなかったのだ。(当時シャペロンという概念・用語はちょうど出たばかりでまだ浸透していなかった)<br /><div><br /></div><div> その後、このテーマでのHsp60(バクテリアのGroEL)を好熱菌から精製するところから研究を始めて今に至る。30年以上に及ぶキャリアの研究テーマでシャペロン以外の研究も行っているが、結局はどれもAnfinsenのドグマに行き着く。</div><div><br /></div><div><b>シャペロン</b>:当初、あるタンパク質のフォールディングがHsp(≒シャペロン)に絶対的に依存するなら、Anfinsenのドグマは修正すべきではないかと考えられた。その後の研究で、シャペロンは凝集体形成を防いでフォールディングを助けるのが基本的な役割とわかってきた。つまり、シャペロンはフォールディングに積極的に介入するわけではない、ということだ。とは言え、シャペロン存在下で、フォールディング経路が大きく変化して、自発的フォールディングでは立体構造A、シャペロンがあるとBというようなケースがあるかもしれない。</div><div><br /></div><div><b>プリオン</b>:プリオンやアミロイドは元々別の天然構造(もしくは天然変性状態)にあるタンパク質の構造が転換して分子間βシートによる線維状構造(アミロイド)になるという点で、一つのアミノ酸配列から二つの立体構造を取りえる。Anfinsenドグマを「アミノ酸配列はタンパク質の立体構造を一義に決める」と定義すると、それに反する。その考え方がおもしろいと思って1990年代後半から酵母プリオン研究を始めた。</div><div><br /></div><div><b>翻訳に共役したフォールディング</b>:Anfinsenが行った実験を端緒とする通常のフォールディング研究では、完成したタンパク質を変性させてからリフォールディングさせる(Anfinsen型フォールディングとしよう)。細胞内でタンパク質(ポリペプチド)が合成(翻訳)される際には、リボソームでN末端からアミノ酸が一つずつ繫がれて合成されてくるので、翻訳途上からフォールディングが始まるのであれば、Anfinsen型フォールディングと同じとは限らないのではないか?という考え方がある。そこで、試験管内翻訳系(PUREシステム)を使ったりして、翻訳時のフォールディング研究をしている。</div><div> 既にわかっていることとして、アミノ酸配列にはタンパク質の立体構造の情報だけでなく、自らが翻訳される際の速度調節など翻訳動態の情報も保持している。究極的には同じアミノ酸配列でもコドンの使い方によって翻訳速度が変わって、結果的にフォールディングに影響が及ぶ、という同義置換依存フォールディング研究はこれからの課題の一つだ。</div><div><br /></div><div>以上、長年憧れ?のAnfinsenさんに遭遇して感激したところから、ライフワークとなる研究の解説までと、思わず長くなってしまった。</div><div><br /><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><br /></div></div></div>田口 英樹(東工大・研究院/生命理工)http://www.blogger.com/profile/04178909505454562195noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5591719214119573590.post-34249062922431110692024-01-14T21:55:00.000+09:002024-01-14T21:55:42.649+09:00米国土産で作成した「生命のセントラルドグマ」<p> 昨年3月にアメリカ出張に行った際、NIHに立ち寄った。NIHはNational Institutes of Health(アメリカ国立衛生研究所)の略で、ワシントンDC中心から30分ほどのところにある米国最大の生命科学の研究機関だ。私のような生命科学に携わる人間なら、以前からよく聞く機関で、ポスドクも含めて日本人も多くいる。最近では、アメリカでの新型コロナウイルス対策のヘッドがNIH内のお偉いさんであるアンソニー・ファウチ博士だったので日本のニュースでも名前が流れていた。</p><p>NIH内部を案内してもらい、本館みたいなところにあるショップに立ち寄ったらいくつか興味深いモノがあった。一つはファウチ博士のバブルヘッド(頭がぶるんぶるんと動くコミカルな人形)。あちらでのファウチ博士の人気(?)がよくわかる(日本で言えば尾身茂さんのバブルヘッドが売り出されただろうか?)。</p><p>もう一つがRNAのぬいぐるみ(?)である。これは<a href="https://www.giantmicrobes.com/us/" target="_blank">GIANT microbes</a>シリーズで、今までもDNAとかプリオン(狂牛病)なんかをCold Spring Harbor(CSH)研究所のショップで購入したことはあるが、RNAは初めて見た。</p><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiNVSHNFvxOsfhvwdsoMOwNX4fSel18gL4I23j-MGEBOHLUeEC1-2Xvv-Nt1rnd2LqDEmEbbV-srqYLJePKC0rRnriBmaw6IbRHpXNQYCVKv9oAOHGFZ5Klp0gZJEjpu6giLNep9MUtC491um-8Ux-gLW9ud0kt9yFTmewmvh-ofZ2L3AEnwD0LNIwFEB4/s1200/mRNA_230331.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="1200" data-original-width="1200" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiNVSHNFvxOsfhvwdsoMOwNX4fSel18gL4I23j-MGEBOHLUeEC1-2Xvv-Nt1rnd2LqDEmEbbV-srqYLJePKC0rRnriBmaw6IbRHpXNQYCVKv9oAOHGFZ5Klp0gZJEjpu6giLNep9MUtC491um-8Ux-gLW9ud0kt9yFTmewmvh-ofZ2L3AEnwD0LNIwFEB4/w320-h320/mRNA_230331.jpg" width="320" /></a></div><br /><p>RNAと言っても、要はメッセンジャーRNA(mRNA)である。一般の方には、RNAはDNAより知名度が劣っていたので以前は商品になっていなかったが、新型コロナウイルスのワクチンでmRNAが使われて、その名が浸透したので売り出したのだと思われる(もしくは前からあったとしても前面に出した)。</p><p>既にDNA「ぬいぐるみ」は購入済みだし、タンパク質のおもちゃも多数ある。</p><p>そこで、生命のセントラルドグマを作ってみた。</p><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEj0YpiCOpc7bsesOWUCriqWFPTdm6uCUP0nF-WXbi1ZdVnv4aUV0n_m1xjJvRM8P9ohjayrk9rA0f4uTm3AVE_4wfJm-B-Ue3G0oQZACFEJAk1SiqEI9vFmxfaYQI7kLczdd_6duqPEwil1ZJQyLP0lnb-OFFC0DuUntecPlQZ9iZwAFR_IFFi7NfZ0su4/s1200/2023_centraldogma_j.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="1200" data-original-width="1200" height="400" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEj0YpiCOpc7bsesOWUCriqWFPTdm6uCUP0nF-WXbi1ZdVnv4aUV0n_m1xjJvRM8P9ohjayrk9rA0f4uTm3AVE_4wfJm-B-Ue3G0oQZACFEJAk1SiqEI9vFmxfaYQI7kLczdd_6duqPEwil1ZJQyLP0lnb-OFFC0DuUntecPlQZ9iZwAFR_IFFi7NfZ0su4/w400-h400/2023_centraldogma_j.jpg" width="400" /></a></div><div><br /></div> キレイにできた。タンパク質は、確かMOMAショップで売っていたネックレスを切ったものだ(ということを講義とかオープンラボみたいなところで披露すると失笑が漏れたり、子供の中には記憶に残ることがあるようだ。ただ、環状のタンパク質がない、というのは実はけっこう深いことなのだ。それこそ、セントラルドグマの仕組みを考えると納得がいく部分もあるが)。<div> それはさておき、このDNAとRNAを比較すると、性質の違いが見えてくる。そう、DNAは二重らせんだが、mRNAは一本鎖である。あと、この写真から塩基部分についての情報も一部得られるのがわかるだろうか。DNAでは青ー白、黄ー赤(黄赤は隠れているが)がペアになっているということは・・・。<div><br /></div><div>DNAのATGCの4塩基の中でT(チミン)はmRNAではU(ウラシル)が使われるから、</div><div>青:A</div><div>緑:U</div><div>白:T</div><div>黄ー赤:GーCかC-Gのどちらか</div><div>とわかる。<br /><p>・・・どうでもいい脱線であった。さらにバリエーションを加えてみよう。まずは、私の専門のタンパク質のフォールディングやプリオンを参加させてみた。フォールディングしたタンパク質もいくらでもある。さらに以前購入した狂牛病、つまり異常構造のプリオンタンパク質も登場させてみた。</p><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><br /></div><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEh7ZXba2n2Ay2bdYihvG0sBgINmOD5jtVtZuG95Fk6XDvC6s2tk_ioUr9iOmfWIJHnYesFKWlFpRsZrK_tb1aEz4qUjAwHolFaGgzqOwH1RVLIqsE0sr1tZGfXvo6xW0Vu4EOaW9DnqOrd4GUrqEOd_f9PLNrVeWU-JEUI36xzAH4WmuQnyjUbR3M9gzec/s1625/2023_folding_prion2.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="1017" data-original-width="1625" height="250" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEh7ZXba2n2Ay2bdYihvG0sBgINmOD5jtVtZuG95Fk6XDvC6s2tk_ioUr9iOmfWIJHnYesFKWlFpRsZrK_tb1aEz4qUjAwHolFaGgzqOwH1RVLIqsE0sr1tZGfXvo6xW0Vu4EOaW9DnqOrd4GUrqEOd_f9PLNrVeWU-JEUI36xzAH4WmuQnyjUbR3M9gzec/w400-h250/2023_folding_prion2.jpg" width="400" /></a></div><div><br /></div><div><br /></div>本当は、リボソームがあると翻訳(mRNAからタンパク質合成の過程)も示せて面白いのだが、現状のGIANT microbesシリーズは分子レベルのモノが狂牛病と抗体しかないのが残念だ。(microbe(微生物)と言っているくらいだから病原菌とかが多い。狂牛病は「病原体」ということで販売することにしたのだろう)</div><div><br /></div><div>最後に、「生命のセントラルドグマ」ということで、私が持っているコレクションで登場させたいモノ(人?)があった。</div><div>セントラルドグマの提唱者、フランシス・クリックのバブルヘッドである。</div><div><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><br /></div><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEib5SQ0JNCPkWR_DdE-NUFEgdQsnl4AaIInzW9YFX2Gkcs4UHZhGLbzPxvHITExn-mqXvJzXOy5ofQL86QVz8sTbhqF5zJqEei4YlgachHw6dLnN6enIbhGjbNcA7tf6Tu7OFlVkFtFGOwo2RgiVwE3mCPsGth3tpdXHknLqaXgh0eGbbVgcG7jY22G1wg/s2000/central_dogma.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="2000" data-original-width="2000" height="400" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEib5SQ0JNCPkWR_DdE-NUFEgdQsnl4AaIInzW9YFX2Gkcs4UHZhGLbzPxvHITExn-mqXvJzXOy5ofQL86QVz8sTbhqF5zJqEei4YlgachHw6dLnN6enIbhGjbNcA7tf6Tu7OFlVkFtFGOwo2RgiVwE3mCPsGth3tpdXHknLqaXgh0eGbbVgcG7jY22G1wg/w400-h400/central_dogma.jpg" width="400" /></a></div><p>クリックのバブルヘッド人形なんてマニアックなのをよく買ったね、と思われるかもしれない。実は、コロナ前に行ったCSH研究所ショップで無料で配っていたのだ。大量に作ったが売れずに在庫処分となったのかもしれない・・・。ワトソンークリックと並び立てられるが、ずっと目立っているのがワトソンであることに異議を挟む生命科学者はいないだろう。ちなみに、CSH研究所はワトソンが長年務めている(今も!)ことでも知られている(少なくともコロナ禍前まではCSHLミーティング途中に開かれるピアノコンサートによく来ていた)。とは言え、ある程度分子生物学の歴史を学んだ人なら、クリックの残した功績がワトソンークリックのDNAの二重らせん構造解明に留まらないのはよく知るところだ。その先見性、考察の深さには感服するよりない。</p><p>以上、米国土産で作成したセントラルドグマであった。実は、ドグマはドグマでも私のライフワークに関係するアンフィンセンのドグマについても、昨年3月の米国出張では実りがあったのだった。次回辺りで報告したい。</p></div></div>田口 英樹(東工大・研究院/生命理工)http://www.blogger.com/profile/04178909505454562195noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5591719214119573590.post-84885488948035753632023-12-30T23:14:00.000+09:002023-12-30T23:14:44.455+09:00シャペロニンもどきの容器と「フォールディング」するメガネ拭き<p>気が付いたら2023年も年の瀬。このブログを1年以上更新していなかった・・・。</p><p>定期的に読んでくれている人がどのくらいいるのかわからないが、このブログをもう閉鎖したと思われているかもしれない。ただ、ときおり、会った人からこのブログの感想をもらうこともある。先日40年数年ぶりに会った中学時代の同級生が、このブログを見ていてくれているということで、感激したこともあり、ネタを披露したい。</p><p>実はネタはけっこうあるのだ。今回は、卒業生がくれたシャペロニンもどきの容器とメガネ拭きである。まずは、上方からの写真。</p><p><br /></p><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/a/AVvXsEiVhULA0dMeYDKrI2ooG7u1pTV05Abx4qbjL3bJZcr6734Vpsp9bA3l5yLXG8BfkwBQ9lUSgdtbTxGGACYlv93UprsAwpD4q5FBlg6N9jtt3adRUHZUwwSd3Fk5Y15WyGKzxXOdbUCO9fMHLeCHxjTPkuTvSL7Mc1hiLr6BPD3hWvd9fgbcQFskPPaai4E" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img data-original-height="3024" data-original-width="3024" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/a/AVvXsEiVhULA0dMeYDKrI2ooG7u1pTV05Abx4qbjL3bJZcr6734Vpsp9bA3l5yLXG8BfkwBQ9lUSgdtbTxGGACYlv93UprsAwpD4q5FBlg6N9jtt3adRUHZUwwSd3Fk5Y15WyGKzxXOdbUCO9fMHLeCHxjTPkuTvSL7Mc1hiLr6BPD3hWvd9fgbcQFskPPaai4E=w320-h320" title="7角形の折り紙?" width="320" /></a></div><p></p><p><br /></p><p>これを見て、何だと思うだろうか? 折り紙で7角形をいくつか重ねたような手作りのモノであり、このブログでの定番中の定番のシャペロニンGroELの7量体的なモノであることがわかる。</p><p>横から見ると、次のような容器であることがわかる。</p><p></p><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/a/AVvXsEghsKVD25z4Y_0tDthMoottDJKZcH15KTNFUpG50LpGx3tw-4Mlr89AA4F6-wlJ_VCl143y_fdj3apzdKaPIbAvA2Aaze0eotBgvVD9pVAIa6vYRwJ9ZoJSTCYfknUSxWIMxct9rzMT0D1-RWXlK4jOoNioq2L51AFbJwEPFyKPUXlUJHuuEdCE5nBJY5U" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img data-original-height="3024" data-original-width="3024" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/a/AVvXsEghsKVD25z4Y_0tDthMoottDJKZcH15KTNFUpG50LpGx3tw-4Mlr89AA4F6-wlJ_VCl143y_fdj3apzdKaPIbAvA2Aaze0eotBgvVD9pVAIa6vYRwJ9ZoJSTCYfknUSxWIMxct9rzMT0D1-RWXlK4jOoNioq2L51AFbJwEPFyKPUXlUJHuuEdCE5nBJY5U=w320-h320" width="320" /></a></div><br /><p></p><p>真ん中は透明のプラスチックである。つまり、7角形の透明の「筒」がオレンジの折り紙パーツで閉じるようになっている。これだけでシャペロニンGroEL的だと嬉しくなる。</p><p>卒業生からの贈り物はこの「筒」だけでなく、驚きのグッズが付属していた。</p><p></p><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/a/AVvXsEhoU6zA9XzAIb78m_JJ0NFOr_uGyTHt7SPB5ZyHIOB9IFZSr86lzsZcHY7Fky1KkPsIQZsfeFA6XIRIyW3j2kggph0ePVgU2qcRJMynHxW-hKTW-3MjCB4td0Hm0bUhNYcsXXcsJfDcVorv6VBHgN8I6SMKxc_0qKa66QJ35AJUUXdiXqSFGOhQcik0WXo" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img alt="" data-original-height="3024" data-original-width="3024" height="240" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/a/AVvXsEhoU6zA9XzAIb78m_JJ0NFOr_uGyTHt7SPB5ZyHIOB9IFZSr86lzsZcHY7Fky1KkPsIQZsfeFA6XIRIyW3j2kggph0ePVgU2qcRJMynHxW-hKTW-3MjCB4td0Hm0bUhNYcsXXcsJfDcVorv6VBHgN8I6SMKxc_0qKa66QJ35AJUUXdiXqSFGOhQcik0WXo" width="240" /></a></div><br /><p></p><p>形状記憶?のメガネ拭きである。赤い方は鶴、青い方はペンギンのカタチをしている。青い方はペンギンがまだ折りたたんでいないので開いている(変性している)。</p><p>つまり、これらの「鶴」や「ペンギン」はシャペロニンの基質タンパク質ということで、開いた状態で7量体オレンジシャペロニンの中で振るとフォールディングするというわけである。その過程を図にしてみよう。</p><p><br /></p><p></p><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/a/AVvXsEiSCpcRGuKnxZvffwxzOhpRI79pufTWm__6dz59YwGNxF122OYy3gldSlbwl5yltBpFVGSn9cyKR_12ZMAXW_6YuMSARbKisrshKAFj142me-_KdS_NQlMaYEj5xuclfjgPB2H81MD-9axf2bGjWDBXtbJnf9hzxanxLIsXtwpICrp5ZYkhKQocChGrp9Y" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img data-original-height="956" data-original-width="1004" height="381" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/a/AVvXsEiSCpcRGuKnxZvffwxzOhpRI79pufTWm__6dz59YwGNxF122OYy3gldSlbwl5yltBpFVGSn9cyKR_12ZMAXW_6YuMSARbKisrshKAFj142me-_KdS_NQlMaYEj5xuclfjgPB2H81MD-9axf2bGjWDBXtbJnf9hzxanxLIsXtwpICrp5ZYkhKQocChGrp9Y=w400-h381" width="400" /></a></div><br />見事にシャペロニンの反応サイクルらしくなった。ステップ3から4は実際には容器を手に持って何回か振ると勝手に「フォールディング」する。そう、シャペロニンの内部でこの「鶴」基質タンパク質は「自発的」にフォールディングしたということだ。<p></p><p>「ペンギン」も入れて、写真を撮ったら万華鏡のように美しくなった。</p><p><br /></p><p></p><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/a/AVvXsEh1c1mAYjLrzluUSx9JWh8G4Efql4XxI_jSSR28OvkjVQkELwyQ2EJ7P6bGaGLMd_w-o3M_McD0OiOzUVVfIKGe6mWGF2LEANpqBNR38V1gL1slM77SvLVgqqMQ40-km9ioFtBfuloQ9L58Zp62U9bBHCm2k2jFZpYkn-UHYKjNJ2bCm9quCLS9_PCmbmk" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img data-original-height="3024" data-original-width="3024" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/a/AVvXsEh1c1mAYjLrzluUSx9JWh8G4Efql4XxI_jSSR28OvkjVQkELwyQ2EJ7P6bGaGLMd_w-o3M_McD0OiOzUVVfIKGe6mWGF2LEANpqBNR38V1gL1slM77SvLVgqqMQ40-km9ioFtBfuloQ9L58Zp62U9bBHCm2k2jFZpYkn-UHYKjNJ2bCm9quCLS9_PCmbmk=w320-h320" width="320" /></a></div><br />2022年3月の卒業生たちには、ずいぶんと待ってもらって申し訳なかったが、とても本ブログらしい記事になった。どうもありがとう!<p></p><p>(他にも本ブログのネタになるプレゼントがまだいろいろある。遠からず記事にするのでもう少し待ってほしい・・・)</p>田口 英樹(東工大・研究院/生命理工)http://www.blogger.com/profile/04178909505454562195noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5591719214119573590.post-42582634345589460902022-09-09T11:38:00.000+09:002022-09-09T11:38:05.506+09:00近著紹介:実験医学増刊「セントラルドグマの新常識」<p> すっかりこのブログの更新をさぼってしまっているが、生命科学に興味のある一般の方々にもお届けできそうな書籍を編集し、7月に羊土社から出版されたので紹介したい。</p><div style="text-align: center;"><b><span style="font-size: medium;">実験医学増刊「セントラルドグマの新常識」</span></b></div><p style="text-align: center;">転写・翻訳の驚きの新機構と再定義されるDNA・RNA・タンパク質の世界</p><p style="text-align: center;"><span style="text-align: left;">田口英樹,小林武彦,稲田利文/編</span></p><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><a href="https://www.yodosha.co.jp/yodobook/book/9784758104043/10.html" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;" target="_blank"><img border="0" data-original-height="1000" data-original-width="706" height="400" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjWaC9KexcUr09wRTh1CLqmhlBEQv6jwkO2lxiWyRKH0dOXeTLK4tKCcRm3FCeY_SPLGhv4el71aoh3Q7Kg4LfrcOeM8OEcMQOltLqlqBFmkRXsGbBAJ4hv317xCOl-QyC_0aOi9jSS-F67sTyMEOonH5UaIC00S7plawG1Bd94GWGzCwPMG6fusQzO/w282-h400/jikkenigaku_central_dogma.jpg" width="282" /></a></div><div style="text-align: center;"><br /></div><div style="text-align: center;">Web → <a href="https://www.yodosha.co.jp/yodobook/book/9784758104043/10.html" target="_blank">羊土社紹介ページ</a>、<a href="https://www.amazon.co.jp/s?k=%E3%82%BB%E3%83%B3%E3%83%88%E3%83%A9%E3%83%AB%E3%83%89%E3%82%B0%E3%83%9E%E3%81%AE%E6%96%B0%E5%B8%B8%E8%AD%98&adgrpid=136688719374&gclid=Cj0KCQjwpeaYBhDXARIsAEzItbHipqnPdoosEZOyr_S0Qg5BRUYW2u7gytiOTajQqhIeXa8RH3E0IbsaAr_zEALw_wcB&hvadid=618681157382&hvdev=c&hvlocphy=1009299&hvnetw=g&hvqmt=e&hvrand=3913614847612629376&hvtargid=kwd-1878467726392&hydadcr=27705_14598621&jp-ad-ap=0&tag=googhydr-22&ref=pd_sl_82wqoliejk_e" target="_blank">Amazon</a></div><div><p><br /></p><p> 生命のセントラルドグマというと、DNA→RNA→蛋白質、という情報の流れで、生命科学を少しでも学んだことがある人なら誰でも知っている基本中の基本の概念である。今さら、と思われるかもしれないが、セントラルドグマの周辺で<b>びっくりするような面白いこと</b>が続々とわかってきている現状を専門家に解説してもらうという実験医学増刊号である。</p><p style="text-align: left;"> 羊土社さんからこの増刊号の話しをいただいたきっかけの一つは、2019年に私が編集した実験医学の特集「<a href="https://www.yodosha.co.jp/yodobook/book/9784758125253/" target="_blank">再定義されるタンパク質の常識</a>」が好評だったということだ。編集者さんが言うには、ふだんの読者層よりも幅広い層に手に取っていただけたそうで、とりまとめた私としては嬉しい限りである。羊土社さんとしては、タンパク質だけでなく、DNAやRNAなどを含めたセントラルドグマで増刊号をということで話しをもらった。とは言え、私はタンパク質周辺(や、最近は翻訳周辺)の新常識なら山ほど紹介できるが、DNA、RNA、複製、転写などはからきし弱い。そこで、私が明るくない分野についてどなたか編者を加えてくれるならぜひ引き受けましょう、ということで、小林武彦さんや稲田利文さんにも編集に加わっていただいた経緯である。結果的に、お二人の先生方に加わってもらい、素晴らしいコンテンツになったと自負している。</p><p style="text-align: left;">この記事を読んで気になった方は、羊土社ウェブで概論部分を「<a href="https://www.yodosha.co.jp/yodobook/book/9784758104043/10.html" target="_blank"><b>立ち読み</b></a>」できるので(Amazonの<a href="https://www.amazon.co.jp/%E5%AE%9F%E9%A8%93%E5%8C%BB%E5%AD%A6%E5%A2%97%E5%88%8A-Vol-40-No-12-%E3%82%BB%E3%83%B3%E3%83%88%E3%83%A9%E3%83%AB%E3%83%89%E3%82%B0%E3%83%9E%E3%81%AE%E6%96%B0%E5%B8%B8%E8%AD%98%E3%80%9C%E8%BB%A2%E5%86%99%E3%83%BB%E7%BF%BB%E8%A8%B3%E3%81%AE%E9%A9%9A%E3%81%8D%E3%81%AE%E6%96%B0%E6%A9%9F%E6%A7%8B%E3%81%A8%E5%86%8D%E5%AE%9A%E7%BE%A9%E3%81%95%E3%82%8C%E3%82%8BDNA%E3%83%BBRNA%E3%83%BB%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%AF%E8%B3%AA%E3%81%AE%E4%B8%96%E7%95%8C-%E7%94%B0%E5%8F%A3%E8%8B%B1%E6%A8%B9/dp/4758104042/ref=sr_1_1?adgrpid=136688719374&gclid=Cj0KCQjwpeaYBhDXARIsAEzItbHipqnPdoosEZOyr_S0Qg5BRUYW2u7gytiOTajQqhIeXa8RH3E0IbsaAr_zEALw_wcB&hvadid=618681157382&hvdev=c&hvlocphy=1009299&hvnetw=g&hvqmt=e&hvrand=3913614847612629376&hvtargid=kwd-1878467726392&hydadcr=27705_14598621&jp-ad-ap=0&keywords=%E3%82%BB%E3%83%B3%E3%83%88%E3%83%A9%E3%83%AB%E3%83%89%E3%82%B0%E3%83%9E%E3%81%AE%E6%96%B0%E5%B8%B8%E8%AD%98&qid=1662690736&sr=8-1&asin=B0B7HB463C&revisionId=&format=4&depth=1" target="_blank">試し読み</a>もあり)、ぜひお読みいただければ幸いである(もちろん、その上でぜひ購入を!)。</p><p style="text-align: left;"> セントラルドグマの周辺が最近どうなっているの?ということを知りたい方々だけでなく、生物系の授業や講義ネタを探している高校などの先生方にもオススメです。</p></div>田口 英樹(東工大・研究院/生命理工)http://www.blogger.com/profile/04178909505454562195noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5591719214119573590.post-14969488616771270182021-07-12T00:32:00.001+09:002021-07-12T09:15:04.372+09:00【論文紹介】3Dプリンターで作ったタンパク質キャンディーを教育に使う(Science Advances)<div style="text-align: left;"><div> 本ブログの趣旨にぴったりの面白い論文がScience姉妹誌(Science Advances)に最近出ているのを見つけたので紹介したい。</div><div><br /></div><div> 3Dプリンタで作成したタンパク質模型を本ブログでたびたび紹介している。中でも、以下に示す「<a href="http://studio-midas.com/kawakamimodel/" target="_blank">川上モデル</a>」は美しさと質感が最高で、講義、高校での模擬授業などで欠かせない教材(小道具)だ。山形大の川上勝さんが考案した特殊な製法で作られたこの模型は素材のベースがシリコンなので弾力性がある。思わず触りたくなる逸品なのだが、触った人の感想に「グミみたいで食べたくなりますね」というのがある。</div><div><br /></div><div>→ 制作元:<a href="http://studio-midas.com/kawakamimodel/" target="_blank">スタジオミダスHP</a></div></div><div style="text-align: left;"><br /></div><div style="text-align: left;"><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhBsHaVn5YiFeRJ_dHhKM-ExwM0ZZd3Bt5wl05S06ancjwyxOBkpRU2VOGJyF_8VCTCW3FpgNoQqv738lehFznvArLt9S4l8krN045o-51RuhWo2-_AaKE7zsrz3uEgk_rkPkqJ4QFr1Fw/s1000/Ribonu2.jpg" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="750" data-original-width="1000" height="150" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhBsHaVn5YiFeRJ_dHhKM-ExwM0ZZd3Bt5wl05S06ancjwyxOBkpRU2VOGJyF_8VCTCW3FpgNoQqv738lehFznvArLt9S4l8krN045o-51RuhWo2-_AaKE7zsrz3uEgk_rkPkqJ4QFr1Fw/w200-h150/Ribonu2.jpg" width="200" /></a></div></div><div style="text-align: left;"><br /></div><div style="text-align: left;"><b style="color: #333333; font-family: Verdana, "ヒラギノ角ゴ ProN W3", "Hiragino Kaku Gothic ProN", メイリオ, Meiryo, sans-serif; font-size: 15px;">→ </b><a href="http://taguchi-hideki.blogspot.com/2013/07/blog-post.html" target="_blank">2013年7月 シャペロニン模型が手元に!</a> <br /><br /><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjU4IcvlonuFpP0GC_rz2X2Xx-OhoDlPZC7xFGz_8DdEk5cVF7ohKBKRpXChWhw_d8_GK_SMtEXLmtF3k4Si9S3ZjF8lq7pfszG35M9p_bq2dv9J0zNdMhiG5FL7g4Pt4sFQ3eWLaopQxM/s800/GroESEL6.JPG" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="800" data-original-width="600" height="200" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjU4IcvlonuFpP0GC_rz2X2Xx-OhoDlPZC7xFGz_8DdEk5cVF7ohKBKRpXChWhw_d8_GK_SMtEXLmtF3k4Si9S3ZjF8lq7pfszG35M9p_bq2dv9J0zNdMhiG5FL7g4Pt4sFQ3eWLaopQxM/w150-h200/GroESEL6.JPG" width="150" /></a></div><br /></div><br /></div><div style="text-align: left;">前置きが長くなったが、実際にグミなどで作ったタンパク質モデルを教育に使うという論文が出た。今回紹介するScience Advances論文は、3Dプリンタで作った「キャンディー」、つまり、食べたり、口に入れるタンパク質模型が主役である。</div><p>Visualizing 3D imagery by mouth using candy-like models</p><p>Baumer KM et al, Science Advances 28 May 2021: Vol. 7, no. 22, eabh0691</p><p><a href="https://advances.sciencemag.org/content/7/22/eabh0691" target="_blank">DOI: 10.1126/sciadv.abh0691</a> (オープンアクセス)</p><p>この論文の紹介記事 → <a href="https://nerdist.com/article/gummy-models-science-students-vision-loss/" target="_blank">Gummy models may be aid for students with vision loss (Nerdist) </a></p><p>Science podcast (July 8 2021): <a href="https://www.sciencemag.org/podcast/scientists-role-opioid-crisis-3d-printed-candy-proteins-and-summer-books" target="_blank">3D-printed candy proteins</a> </p><div> 論文の図をそのまま載せることはできないので、ぜひ上記の論文そのもの、もしくは紹介ニュースに載っている図を見てほしい。本ブログを楽しんでもらっている読者なら嬉しくなる図がいくつもある。とりあえずは、3Dプリンタでさまざまなタンパク質模型を1㎝くらい、もしくは米粒大に作ったというのが論文の前段である。</div><div><br /></div><div> が、単に3Dプリンタで食べられるタンパク質模型を作ったというだけでは、Science姉妹誌に載らないだろう。本論文の主題は、複雑なタンパク質の立体構造を区別するのに口の中は適していて、触覚や視覚に匹敵するくらいである、というのだ。さらには、視覚障害を持った学生へタンパク質の立体構造を理解してもらうのに触るよりも口に入れてもらう方がいい、ということである。</div><div> 実際には、グミキャンディーモデルだけでなく、口に入れてもいいような素材でできたタンパク質模型を作って、被験者に口に入れてもらってテストしている。一種の心理学での実験みたいなものだろう。ちなみに、この論文のジャーナルでのカテゴリーはNeuroscienceになっている。</div><div><br /></div><div> この論文を知ったのは、たまに聴いているScienceのポッドキャストに取り上げられて筆頭著者の大学院生がしゃべっていたからだ。基本的には、その院生の思い付きでのキャンディープロジェクトが発展したということのようだ。こういう一般の方へのアウトリーチ的な内容でもアイディア次第でインパクトのある論文に仕上がるのだなぁという感想も持った。</div><div><br /></div><div>私も何かできることがあるかもしれない。</div><div><br /></div><div><br /></div>田口 英樹(東工大・研究院/生命理工)http://www.blogger.com/profile/04178909505454562195noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5591719214119573590.post-27385667140088700412021-05-16T18:12:00.005+09:002021-05-16T20:19:43.596+09:00中国からのシャペロニン7量体もどき土産<p> 少しずつブログネタがあったのだが、下書きのまま公開せずそのままにしていた。</p><p>特に、お土産や記念品としてもらっていたものがたくさんあって申し訳なく思っていた。最近、ウェブサイトをリニューアルしたりして、宣伝活動モードになっているので、少しずつ紹介していきたい。</p><p>まずは、現在私のラボで今春から博士研究員になった野島達也さんからのお土産である。と言っても、野島さんが中国で職を得ていた1年半ほど前(コロナ禍になる前)、一時帰国した際にもらったものだ。</p><p>本ブログでの長年の鉄板ネタの一つ、シャペロニンGroELの7量体もどきということで、7角形の品々である。</p><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhsK0P3RIYPkVNE1QyhKbnZhEImcS2nhx3Tg8sFLyqMZRi0pNH156S3sPIttPm-DPn5U3rxhFoLlWDb1ywd4TnTh0nneDQFowSiAqClajB0qaOWGX0Wq5cKgvOQh-H2TeecI3uIdEAy0CI/s900/three_heptamers.jpg" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="900" data-original-width="900" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhsK0P3RIYPkVNE1QyhKbnZhEImcS2nhx3Tg8sFLyqMZRi0pNH156S3sPIttPm-DPn5U3rxhFoLlWDb1ywd4TnTh0nneDQFowSiAqClajB0qaOWGX0Wq5cKgvOQh-H2TeecI3uIdEAy0CI/s320/three_heptamers.jpg" /></a></div><br /><p>3ついただいた中で写真の左に置いたメタルな7量体は、ハンドスピナーの一種でくるくる回る。回ってもきちっと7つが見えますね。</p><p><br /></p><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEj2gcFrdZY5J1HRxsp7oTxkDH4VRMCSVHh6TMs8ymBPY0bEmj5GHD2FFXs6aYpwLhrZmNXiOvJbCOZkcnWoNkyK_8RF0SqSNZz49EiyoculGNBsEAsxF-SN5d3FoXK7OePgSS2A2ghKgf8/s900/1911nojima_spinner.jpg" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="900" data-original-width="900" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEj2gcFrdZY5J1HRxsp7oTxkDH4VRMCSVHh6TMs8ymBPY0bEmj5GHD2FFXs6aYpwLhrZmNXiOvJbCOZkcnWoNkyK_8RF0SqSNZz49EiyoculGNBsEAsxF-SN5d3FoXK7OePgSS2A2ghKgf8/s320/1911nojima_spinner.jpg" /></a></div><br /><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><iframe allowfullscreen='allowfullscreen' webkitallowfullscreen='webkitallowfullscreen' mozallowfullscreen='mozallowfullscreen' width='320' height='266' src='https://www.blogger.com/video.g?token=AD6v5dwWuV8GJoNhcfcM6PY0KeEkvBdLl4x3xzOhSv7ZEfQ0hu2no8jJSXVChSOtGuUP7vd5KEMofO5W_uQcCF3LfA' class='b-hbp-video b-uploaded' frameborder='0'></iframe></div><br /><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><br /></div>残り二つ、赤と黒の物体はネジらしい。何で7角形になっているのかは不明だ。野島氏が言うにはネットで7角形の何かを探して見つけたということだ。<div><br /></div><div>2つ重ねてダブルリングにしてみたのがこちら。<div><br /></div><br /><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjBtBdPA_XZ_YNpdGUxv3Zl7iPX34cUvYEumfOHCniI6VqvJdtVVcYTYXzGFyxjKQrOGUTwbt32ZwM1SUdtY7SBkO0RWP-M-RzassMVNdJlhWLMrSEx0KE33K4hscQKaz20InuvCqM7mXw/s900/double_ring_screw.jpg" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="900" data-original-width="900" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjBtBdPA_XZ_YNpdGUxv3Zl7iPX34cUvYEumfOHCniI6VqvJdtVVcYTYXzGFyxjKQrOGUTwbt32ZwM1SUdtY7SBkO0RWP-M-RzassMVNdJlhWLMrSEx0KE33K4hscQKaz20InuvCqM7mXw/s320/double_ring_screw.jpg" /></a></div><br /><div><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><div style="text-align: left;">このダブルリングの上で7量体スピナーを回してみたのが下の写真。GroELのパートナーであるGroESも7量体なのでスピナーをGroESに見立てるとGroEL<span style="font-size: xx-small;">7</span>-GroEL<span style="font-size: xx-small;">7</span>-GroES<span style="font-size: xx-small;">7</span>になって、非対称の弾丸型複合体となる(ちょっとGroESが大きく頭でっかちだが)。赤と黒を微妙にずらして重ねているのは、実際のGroELダブルリングでもそうなっているからである。</div><div style="text-align: left;"><br /></div></div><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEh4TobyAd8fY05D_sh1bJ6KLVTNePdB3b9zICMNXpKUgP6IHcNK49cfo3iBtkJtrpIzFgbf20y1l6FlfE-jt0FWaAmshcOofYBM-s13QAK26ne2WIX5FXMPWcc-sRE4mxfZmbRjWPKF9kA/s900/double-screw_spinner.jpg" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="900" data-original-width="900" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEh4TobyAd8fY05D_sh1bJ6KLVTNePdB3b9zICMNXpKUgP6IHcNK49cfo3iBtkJtrpIzFgbf20y1l6FlfE-jt0FWaAmshcOofYBM-s13QAK26ne2WIX5FXMPWcc-sRE4mxfZmbRjWPKF9kA/s320/double-screw_spinner.jpg" /></a></div><br /></div></div><div>さて、タンパク質の回転と聞いてニヤッとする人がいるかもしれない。タンパク質の中にはATP合成酵素(F<span style="font-size: xx-small;">1</span>-ATPase)のように回転するものもあるが、GroESがGroELと結合しつつ回転するということは知られていない(少なくとも今までの知見では)。</div><div><br /></div><div>こうやって書いてみると、モノとしての質感もステキだし、動きもあってブログネタとして好適であった。早い投稿を心がけないといけない・・・。</div><div><br /></div><div>いずれにせよ、野島さん、おもしろいモノをありがとうございました。</div><div><br /></div><div><br /></div>田口 英樹(東工大・研究院/生命理工)http://www.blogger.com/profile/04178909505454562195noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5591719214119573590.post-86457276804099621402021-04-24T16:01:00.001+09:002021-05-05T23:30:32.374+09:00「マルチファセットプロテインズ」的なランプのギフト<p> いつの頃からか3月に行われる送別会にて卒業生が記念品をくれるようになった。今年はコロナ禍のため送別会自体は当然中止だったが、記念品は準備してくれていてラボで渡してくれた。</p><p>カラフルなランプである。</p><p></p><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgVT1B3WQRh8Xnaxe968WJ4ndTNxwhdPCualzPH1IsIS1sKlqLsVPIe3PXzzYTcgzVxfo3vahnyEY6QI7WrD76svBjj7bOB6mr3x3MiFUluSLItIgaar8qy1ujtnZMIAaRtBsW94CJu4Xs/s1000/mfp_light1s.jpg" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="1000" data-original-width="1000" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgVT1B3WQRh8Xnaxe968WJ4ndTNxwhdPCualzPH1IsIS1sKlqLsVPIe3PXzzYTcgzVxfo3vahnyEY6QI7WrD76svBjj7bOB6mr3x3MiFUluSLItIgaar8qy1ujtnZMIAaRtBsW94CJu4Xs/s320/mfp_light1s.jpg" /></a></div><p></p><div><br /></div><div>と言っても、売り物をそのまま買ったモノではない。</div><div><br /></div><div>骨組みだけのランプシェードにカラフルなセロハンを貼り付けてくれた手作りだ。ステンドグラスみたいにも見えるが、これはマルチファセットプロテインズの申請時から象徴的に使っていたカラフルな宝石をモチーフに作ってくれたということでたいへん嬉しいプレゼントである。かたちが立体的というのもたいへん好みだ。</div><div><br /></div><div><br /></div><div><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjodbK8sFv6Cx9VDinD0R33E0LxfuzBr86yi2K1OKLfkGaXkas2TKLcBr9-pA4912sIH9FkXQMPzlCL4nV_7Dvn_ffh7XOjq0B-SdYY_-wLG7US42CWw565OrNKAyUpFmVO_viWBEeJWko/" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img data-original-height="237" data-original-width="772" height="122" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjodbK8sFv6Cx9VDinD0R33E0LxfuzBr86yi2K1OKLfkGaXkas2TKLcBr9-pA4912sIH9FkXQMPzlCL4nV_7Dvn_ffh7XOjq0B-SdYY_-wLG7US42CWw565OrNKAyUpFmVO_viWBEeJWko/w400-h122/mfp_banner.png" width="400" /></a></div><br /><br /></div><div>もちろんランプとして光ってくれる。</div><div><br /></div><br /><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEj6KgtRroe09XTz6lSVH-eFJJTmqtDPY787Ci685AZaFi69kQY1DWKqiQtZj2Ficsx5XAOJVcWhyphenhyphen1lE1hblNDy6R49ZwPrycIPvJ9m4lahyphenhyphennMarzKpFyn3__ePfPsSQ0QGxUr7CAS6AkJQ/s1000/mfp_light2s.jpg" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="1000" data-original-width="1000" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEj6KgtRroe09XTz6lSVH-eFJJTmqtDPY787Ci685AZaFi69kQY1DWKqiQtZj2Ficsx5XAOJVcWhyphenhyphen1lE1hblNDy6R49ZwPrycIPvJ9m4lahyphenhyphennMarzKpFyn3__ePfPsSQ0QGxUr7CAS6AkJQ/s320/mfp_light2s.jpg" /></a><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><br /></div></div><p><br /></p><p>よーく見ていると、だんだんと自分が好きなアレに見えてきた。7量体リングからなるシャペロン、シャペロニンGroELである。基本は六角形なのだが、傾けたり、いろいろしていると、角度によって7量体になるのである(ちょっと無理やりだが・・・)。学生たちもそこまでは考えていなかっただろう・・・。</p><p><br /></p><p><table align="center" cellpadding="0" cellspacing="0" class="tr-caption-container" style="margin-left: auto; margin-right: auto;"><tbody><tr><td style="text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjkcXpbKX7mlTQtaHaTCr2j-ioBKPl8jPV77qT8MpFxWtjUAnFJazZz4_ygS10z7Qnl7n0WhgVKa6cWNYY3Nt-LrUZ-vFOgH0SegJhTuG6VvUWbW0c4QmwAB9oMjQ4TttHsp6B9d_yeKng/" style="margin-left: auto; margin-right: auto;"><img data-original-height="2048" data-original-width="2047" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjkcXpbKX7mlTQtaHaTCr2j-ioBKPl8jPV77qT8MpFxWtjUAnFJazZz4_ygS10z7Qnl7n0WhgVKa6cWNYY3Nt-LrUZ-vFOgH0SegJhTuG6VvUWbW0c4QmwAB9oMjQ4TttHsp6B9d_yeKng/w320-h320/mfp_light4_heptamer4.jpg" width="320" /></a></td></tr><tr><td class="tr-caption" style="text-align: center;"></td></tr></tbody></table><br />ついでに言えば、GroEL研究も続けています。</p><br /><p></p>田口 英樹(東工大・研究院/生命理工)http://www.blogger.com/profile/04178909505454562195noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5591719214119573590.post-24315003702463172402021-01-13T19:28:00.006+09:002021-05-05T23:27:42.213+09:00学術変革領域 (A)「マルチファセット・プロテインズ」がスタート(キックオフミーティングのお知らせ)<p> 今年度から発足した科研費学術変革領域 (A)にめでたく採択された。</p><p><b style="text-align: center;">マルチファセット・プロテインズ:拡大し変容するタンパク質の世界</b></p><p>という領域である。</p><p><br /></p><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><a href="http://proteins.jp/" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;" target="_blank"><img alt="マルチファセット・プロテインズ" border="0" data-original-height="234" data-original-width="800" height="119" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhPJpGVbrP9dLsLTssJcJ2erNaHtoQHfIJ4S7ejPP7aIJeyM4F-KEFp9lQiUE7PLAl11JPF7CZLDmqLiPb9VO4uz-KMlCYnTydsKkwQcMBKfixZlzkwy5J6xpNDytcewWmliqd4BiRbDwg/w400-h119/mfp_banner.png" width="400" /></a></div><br /><p>領域概要:この数年間での発見や技術革新により、従来のタンパク質像が揺らいでいる。例えば、非典型的な翻訳が普遍的に起こるため、タンパク質の種類は急激に増加している。また、細胞内でのタンパク質の機能発現様式も多様であることがわかってきた。つまり、タンパク質の世界において従来見えていなかった多くの面(マルチファセット)が見えはじめている。この拡大し変容しつつある真のタンパク質像を理解するためには、マルチファセットにタンパク質の世界を捉えなおす必要がある。そこで本領域では、突出した成果をもつ研究者を束ねて融合研究を推進することで、従来のタンパク質に関する固定観念を刷新し、未踏のタンパク質世界を開拓することを目的とする。あらゆる生命現象に関わるタンパク質の描像を変革し、生命科学のパラダイムシフトに貢献する。</p><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><a href="http://proteins.jp" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;" target="_blank"><img border="0" data-original-height="675" data-original-width="900" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEj-N9DRXUHpNJpTEJV_RIQ3LVooN3rRmm2u_InM38Hifs3U6RcUPXJEclvz1SZmlhLn4jsDwNF5sQs6EYi3ir53LhzN8c466G-FYfkaBi_XOdelCGzKwNDgSk6Dl0nkMXxxQ9wtNx5Rvq8/s320/mfp_concept2.png" width="320" /></a></div><br /><p>領域のウェブサイトを仮オープン(→<a href="http://proteins.jp">http://proteins.jp</a>)したので、もう少し詳しく知りたい方はそちらを見てほしい。</p><p>なお、領域発足に当たってキックオフミーティングをZoomウェビナーで1月26日(火)に開催する運びである。以下がその案内。</p><p><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">-------------------------------------------</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">文部科学省科学研究費補助金・学術変革領域研究 (A)</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">「マルチファセット・プロテインズ:拡大し変容するタンパク質の世界」キックオフミーティングのお知らせ</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;"> この数年間での発見や技術革新により、タンパク質の世界において従来見えていなかった多くの面(マルチファセット)が見えはじめています。本領域では、この拡大し変容しつつある真のタンパク質像を理解するためにマルチファセットにタンパク質の世界を捉えなおすことで、従来のタンパク質に関する固定観念を刷新し、未踏のタンパク質世界を開拓することを目的としています。</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;"> 本領域の発足にあたり、以下のようにキックオフミーティングをオンラインで開催し、領域概要、公募研究について説明しますので興味ある方はふるってご参加ください。</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">領域代表 田口 英樹(東京工業大学)</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">日時:2021年1月26日(火)13:30-15:55</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">Zoomウェビナーによる開催(事前登録制、参加費無料)</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">登録用URL </span><a href="https://zoom.us/webinar/register/WN_WU321LHSSKaIR3qrZBVjxQ" style="font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" target="_blank">https://zoom.us/webinar/register/WN_WU321LHSSKaIR3qrZBVjxQ</a><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">・第1部(領域概要・公募説明)は録画した内容を後日HPにて公開予定です。</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">・質疑応答はZoomのチャット機能にて行います。</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">【第1部:領域概要・公募説明】</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">13:30-13:50 領域概要説明(領域代表:田口 英樹)(録画)</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">13:50-14:00 公募研究について(領域代表:田口 英樹)(録画)</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">14:00-14:10 質疑応答</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">休憩</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">【第2部:計画研究概要説明】</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">14:20-14:30 田口 英樹(東京工業大学 科学技術創成研究院 細胞制御工学研究センター)</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">「非典型的な翻訳動態の多様性・普遍性と分子機構」</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">14:30-14:40 千葉 志信(京都産業大学・生命科学部)</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">「機能性翻訳途上鎖の生理機能と分子機構」</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">14:40-14:50 永井 義隆(近畿大学・医学部)</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">「新規AUG非依存性RAN翻訳の分子機構とその神経変性病態における役割」</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">14:50-15:00 松本 有樹修(九州大学・医学部)</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">「ノンコーディングRNAから産生されるタンパク質の生理機能」</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">休憩</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">15:10〜15:20 遠藤 斗志也(京都産業大学 生命科学部)</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">「細胞内タンパク質の多重局在とその制御機構の解明」</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">15:20〜15:30 松本 雅記(新潟大学 医歯学系)</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">「未開拓プロテオームの同定・定量技術の開発」</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">15:30〜15:40 渡邉 力也(理化学研究所)</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">「未開拓タンパク質の1分子計測技術・デバイス開発」</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">15:40〜15:50 太田 元規(名古屋大学 情報学研究科)</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">「未開拓タンパク質データの収集・特徴抽出・予測」</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">15:50〜15:55 閉会あいさつ(領域代表:田口 英樹)</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">閉会後にも質疑応答時間を設ける予定です。</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">問い合わせ先:</span></p><p><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">領域関連:田口英樹 <span class="Apple-converted-space"> </span></span><a href="mailto:taguchi@bio.titech.ac.jp" style="font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">taguchi@bio.titech.ac.jp</a><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">本ミーティング関連:<span class="Apple-converted-space"> </span></span><a href="mailto:multifacetedproteins@gmail.com" style="font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">multifacetedproteins@gmail.com</a><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">--------------------------------------------</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">文部科学省科学研究費補助金・学術変革領域研究 (A)</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">「マルチファセット・プロテインズ:拡大し変容するタンパク質の世界」(略称:多面的蛋白質世界)</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">(2020-2024年度:領域代表 田口英樹 東京工業大学・科学技術創成研究院)</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">領域ウェブサイト </span><a href="http://proteins.jp/" style="font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" target="_blank">http://proteins.jp</a><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 14px; text-size-adjust: auto;">--------------------------------------------</span></p><p style="text-align: center;"><br /></p>田口 英樹(東工大・研究院/生命理工)http://www.blogger.com/profile/04178909505454562195noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5591719214119573590.post-81215755425293600722020-04-18T10:35:00.003+09:002021-05-05T23:28:00.971+09:00文庫版出版「池上彰が聞いてわかった 生命のしくみ 東工大で生命科学を学ぶ」」(追加コンテンツあり) 2016年9月に共著で出版した<a href="https://taguchi-hideki.blogspot.com/2016/09/blog-post.html" target="_blank">書籍</a>が文庫化されて今月初めに販売を開始している。<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhB8l55WxEX9DDyvuqz7Ar-cee-Cqxjs0dTrKjq7EV9I4QMSaoyTEazp474DA2dMSXJ2ZTSpUgVY2c989EKNym8RoAjuHywRYsyIjGuwT3hgihKcMO7HaKzxSI1Aj9ptuB-KUmC9X2k0JI/s1600/ikegami_hyoshi.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="389" data-original-width="280" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhB8l55WxEX9DDyvuqz7Ar-cee-Cqxjs0dTrKjq7EV9I4QMSaoyTEazp474DA2dMSXJ2ZTSpUgVY2c989EKNym8RoAjuHywRYsyIjGuwT3hgihKcMO7HaKzxSI1Aj9ptuB-KUmC9X2k0JI/s1600/ikegami_hyoshi.jpg" /></a></div>
<br />
「池上彰が聞いてわかった生命のしくみ 東工大で生命科学を学ぶ(朝日文庫)」<br />
著:池上彰, 岩崎博史, 田口英樹(朝日新聞出版)<br />
→ <a href="https://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4022620102/opendoors-22/ref=nosim" target="_blank">amazon.co.jp</a> → <a href="https://publications.asahi.com/ecs/detail/?item_id=21868" target="_blank">出版元のサイト</a>(「立ち読み」あり)、<br />
<br />
みなさんご存じの池上彰さんが生命のしくみに関する質問を東工大の同僚教授の岩崎博史さんと私に投げかけて、回答していくことで、生命科学の基本をわかりやすく知ることができる一冊である。<br />
<br />
文庫化と言っても、以前の書籍をそのまま文庫化したのではない。この3年ほどの間に大きく進展した内容を盛り込もうということで、あらためて池上さんと大岡山で対談して内容をアップデートしている。特に、CRISPR-Cas9の登場で進展著しいゲノム編集については新たに章を設けている(第5章)。他にも、抗体医薬(バイオ医薬)やiPS細胞などについて最新の内容を追加コンテンツとして加えている。<br />
<br />
これを書いている2020年4月18日現在、日本を含めて世界は新型コロナウイルス(COVID-19)の感染拡大で日常が大きく変わってしまっている。<br />
そのような中で、生命のしくみの基本を多くの方に知ってもらうのは重要であると思うし、実際、今まで以上に生命科学のリテラシーが必要な世の中になっているのは間違いないだろう。<br />
文庫化の準備は半年以上前から行っていて池上さんとの対談も昨秋に行ったのでウイルスに関する詳細な記載はないが、生命とは何かを説明する際に「ウイルスって生き物なんですか?」という池上さんの問いかけがある(文庫の帯にその質問が入っている)。<br />
<br />
このブログは生命科学の専門家の方が読んでいる人が多いと思うが、周囲に勧めていただければ幸いである。<br />
<br />
ーー以下、コンテンツ紹介ーーー<br />
<br />
出版社からのコメント<br />
「ウイルスって生き物なんですか」<br />
――「生き物とは何か」という定義を学ぶことで、ウイルスの不思議な性質も理解できます。<br />
<br />
「生命って、実によくできているなあ! 」と池上さんも感嘆した、<br />
驚くべきしくみとは。<br />
生きること・死ぬこと、そして遺伝子からゲノムまで、<br />
生命科学のすべてがこの一冊でまるわかり!<br />
池上さんが質問し、最先端の研究をしている東工大の教授が解説します。<br />
<br />
ノーベル賞受賞・大隅良典氏との特別対談も収録!<br />
<br />
【目次】<br />
第1章 「生きているって、どういうことですか」<br />
・ウイルスは生物ですか など<br />
<br />
第2章 「細胞の中では何が起きているのですか」<br />
・タンパク質は何をしているのですか など<br />
<br />
第3章 「死ぬって、どういうことですか」<br />
・老化するとはどういうことですか など<br />
<br />
第4章 「地球が多様な生命であふれているのはなぜですか」<br />
・秘境、深海、そして地球外に未知の生命はいますか など<br />
<br />
第5章 「ゲノム編集は私たちの未来を変えますか」<br />
・中国のゲノム編集ベビーはどこが問題なのですか など<br />
<br />
ノーベル賞受賞・大隅良典氏との特別対談<br />
「どうして今、生命科学を学ぶのですか」<br />
<br />
内容(「BOOK」データベースより)<br />
「生命って、実によくできているなあ!」と池上さんも感嘆した、生命の驚くべきしくみとは。生物の基礎から、ノーベル賞受賞の「オートファジー」のしくみ、遺伝子からゲノムまで、生命科学のすべてがこの一冊でまるわかり!池上さんが質問し、最先端の研究をしている東工大の教授が解説。ノーベル賞受賞、大隅良典氏との対談を収録!<br />
ーーーーーーー<br />
<br />
<br />田口 英樹(東工大・研究院/生命理工)http://www.blogger.com/profile/04178909505454562195noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5591719214119573590.post-21444128531162571962019-12-10T22:53:00.004+09:002021-05-05T23:26:48.285+09:00キューブパズルに着想を得たフォールディング論文(by 郷信広博士)今回はごく最近出版された論文紹介をしたい。内容は、本ブログで何度も登場しているキューブパズルに着想を得た本格的な蛋白質フォールディングの論考で、著者は郷信広 京大名誉教授の単著である。<br />
<br />
<b>Snake cube puzzle and protein folding</b><br />
<b>Nobuhiro Go</b><br />
Biophysics and Physicobiology, Vol. 16, pp. 256–263 (2019)<br />
<a href="https://doi.org/10.2142/biophysico.16.0_256" target="_blank">doi: 10.2142/biophysico.16.0_256 </a>(無料でpdfダウンロード)<div><br /></div><div>日本語版(2021年3月追記)</div><div><div><b>Snake Cube Puzzleとタンパク質フォールディング</b></div><div><b>郷 信広</b></div></div><div>生物物理 61, 005-011 (2021)</div><div><a href="https://doi.org/10.2142/biophys.61.005">https://doi.org/10.2142/biophys.61.005</a>(無料でpdfダウンロード)</div><div><br />
日本の生物物理のパイオニアのお一人で蛋白質フォールディングのシミュレーションの世界的な先達である郷先生の論文はどんな内容なのか。論文を紹介する前にいくつか背景を書いておこう。(パズルのことと郷先生の功績をよく知っている方は飛ばして下へ)<br />
<br />
<table cellpadding="0" cellspacing="0" class="tr-caption-container" style="float: right; margin-left: 1em; text-align: right;"><tbody>
<tr><td style="text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiDqSk4VHFKwhWwdkpVRfCEi4hG8B5MhkQpuCcASrGqLneQ5cqnhVC2lNWKmK3WaSQhODe7u-VVjyxWSHVKCNDx3t6iFWqvGocHmVrCl0k7sz8lzOubGylVvYI_Wlu_6sXhXg1k9-FyVww/s1600/2018-09-16cube4.jpg" style="clear: right; margin-bottom: 1em; margin-left: auto; margin-right: auto;"><img border="0" data-original-height="900" data-original-width="900" height="200" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiDqSk4VHFKwhWwdkpVRfCEi4hG8B5MhkQpuCcASrGqLneQ5cqnhVC2lNWKmK3WaSQhODe7u-VVjyxWSHVKCNDx3t6iFWqvGocHmVrCl0k7sz8lzOubGylVvYI_Wlu_6sXhXg1k9-FyVww/s200/2018-09-16cube4.jpg" width="200" /></a></td></tr>
<tr><td class="tr-caption" style="text-align: center;">スネークキューブパズル</td></tr>
</tbody></table>
【背景1:キューブパズル】<br />
キューブパズルは27個のパーツを折りたたんでコンパクトな3×3×3の立方体に戻すパズルである。パズルをばらすとヘビみたいなのでスネークパズルとかコブラパズルとか呼ばれることもある。蛋白質に見立てると、ヘビの状態でくねくねといろんなカタチを取り得るところが蛋白質の変性状態に似ている。このヘビを折りたたんで3×3×3のキューブにした構造が蛋白質でいう天然構造である。<br />
<br />
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhMXGnR-Ljy8Hj0WKCW5OxU5Etyqxjzn66TjTuv2eA_bl9hSTd5cqOwZHD516KcfhFa_jQg-aTuFkHtFHwecevrlip7QjLDA_Ep2F0nCBEa8nXigFxQeIF_Jpb0KfXSnrTspDB9XmcLGtU/s1600/2018-09-16cube3.jpg" style="clear: left; float: left; margin-bottom: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="900" data-original-width="900" height="200" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhMXGnR-Ljy8Hj0WKCW5OxU5Etyqxjzn66TjTuv2eA_bl9hSTd5cqOwZHD516KcfhFa_jQg-aTuFkHtFHwecevrlip7QjLDA_Ep2F0nCBEa8nXigFxQeIF_Jpb0KfXSnrTspDB9XmcLGtU/s200/2018-09-16cube3.jpg" width="200" /></a>最後にキューブになるのはどれも同じだが、経路はいろんなバリエーションが売っている。私のコレクションは10種類ほどあるが(注1)、そのいくつかの「変性」状態と「天然」構造を写真にて紹介する。<br />
<br />
#ブログでの紹介例<br />
<a href="http://taguchi-hideki.blogspot.com/2010/12/blog-post.html" target="_blank">経路の違うフォールディングパズル</a>(2010年12月)<br />
<a href="http://taguchi-hideki.blogspot.com/2018/09/blog-post.html" target="_blank">新規フォールディング経路のキューブパズル</a>(2018年9月)<br />
<br />
<br />
【背景2:蛋白質フォールディングの整合性原理とGo(郷)モデル】<br />
<table cellpadding="0" cellspacing="0" class="tr-caption-container" style="float: right; text-align: right;"><tbody>
<tr><td style="text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEj6ckATd8iiFaGMeDFwJPnBpr3p4lMUU_TZkg9dhWcxGgAeTaP1gmI99uu25z2y_snff6WVS4tcy5nBu9B6DPjGNUkE0pv0qtmbfIfiu9i1LpnII1T_Z3Mnk46wGMQA6J31ZfLgXXPqKgE/s1600/folding_funnel_wikipedia.jpg" style="margin-left: auto; margin-right: auto;"><img border="0" data-original-height="719" data-original-width="662" height="200" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEj6ckATd8iiFaGMeDFwJPnBpr3p4lMUU_TZkg9dhWcxGgAeTaP1gmI99uu25z2y_snff6WVS4tcy5nBu9B6DPjGNUkE0pv0qtmbfIfiu9i1LpnII1T_Z3Mnk46wGMQA6J31ZfLgXXPqKgE/s200/folding_funnel_wikipedia.jpg" width="183" /></a></td></tr>
<tr><td class="tr-caption" style="text-align: center;">Wikipedia(<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Folding_funnel" target="_blank">folding funnel</a>)より</td></tr>
</tbody></table>
蛋白質の立体構造形成、すなわちフォールディング(折りたたみ)の基本は、アミノ酸配列さえ決まれば蛋白質の立体構造は一義に決まる、というものである(Anfinsenのドグマと呼ばれる)。別の言い方をすると、蛋白質フォールディング反応は自発的、熱力学的に言えば、ギブズの自由エネルギー(ΔG)が負ということである。これを概念的に図示する場合、よく使われるのが右に示すようなフォールディングのエネルギー地形で、フォールディングをファネル(漏斗)に例える。この「漏斗」の上方はさまざまな変性状態が集まっていてエントロピーが大きい状態で、下へ落ちるにしたがって少しずつΔGが小さくなっていく(図の上ほどエネルギー大)。最終的にΔGが最小になったところ(漏斗の一番下のとんがった部分)でフォールディングは完了して天然構造となる。<br />
このファネル理論は米国の研究者たちが1990年代に使い出したものだが、その源流に郷先生が1983年に提唱した「整合性原理(consistency principle)」があり、Go(郷)モデルと呼ばれることもある。整合性原理は「タンパク質は天然構造において2次構造と3次構造すべての相互作用が整合して全体を安定化している」という考え方である(この原理の解説を多数著している京大理学研究科の高田彰二さんの表現:注2)。要は、漏斗のどこでも下へ向かって落ちていって最終的に一番下の天然構造に向かっていくということとも言える。<br />
<br />
【論文の内容紹介】<br />
前置きが長くなったが、今回紹介する郷先生の論文は日本生物物理学会が刊行している「Biophysics and Physicobiology」誌の郷先生80歳記念の特集に郷先生自らが寄稿したフォールディングに関する論考である。<br />
ざっくりと言えば、このパズルでの27個のパーツをどのような「配列」にしたときに、3×3×3の立方体にフォールディング可能か、また、そこから出発して、このパズルに「疎水性相互作用」を導入するなどして、蛋白質らしさの本質とは何かを考察している。<br />
<br />
「配列」と言っても20種類のアミノ酸が並ぶ配列ではない。その説明のために図解を付けてみる。<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgv1DVE0uWxY1xuezn8qpR9Y5TUwYbxP8ulPwdt4TFMnXOsNBBz3slA1_y1KgT4igBgqPXsTqQ37CRp2KjC-_oUHLlRQ9DGa9R5OZ972IaqABpbHDeQDtmO0I9c3jfWv-rhuxCtkjXI1hw/s1600/esb2.jpg" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="690" data-original-width="909" height="302" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgv1DVE0uWxY1xuezn8qpR9Y5TUwYbxP8ulPwdt4TFMnXOsNBBz3slA1_y1KgT4igBgqPXsTqQ37CRp2KjC-_oUHLlRQ9DGa9R5OZ972IaqABpbHDeQDtmO0I9c3jfWv-rhuxCtkjXI1hw/s400/esb2.jpg" width="400" /></a></div>
<br />
先にも見せたキューブパズルは同じ配列ではない。黄色(A)、青色(その下の濃淡の茶色も同じ配列:B)、薄い茶色(C)の三種類は並び方が違うのがわかるだろうか。<br />
例として、黄色(A)で説明する。27個のパーツの末端2つを<i> e </i>(end)、内部の25個は折れ曲がる部分を<i>b</i>(bend)もしくは3つ直線に並ぶ真ん中を<i>s</i>(straight)と定義する。この場合、黄色パズル(A)の「配列」は<br />
<br />
<h3 style="text-align: center;">
<i>e<span style="color: red;">s</span>b<span style="color: red;">s</span>bbbb<span style="color: red;">s</span>bbbbbbbb<span style="color: red;">s</span>bbb<span style="color: red;">s</span>bbb<span style="color: red;">s</span>e</i> </h3>
<br />
となる(注3)。<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
</div>
こう考えると、<i>e</i>は置き場所が決まっていて、内部の25個で <i>b </i>か <i>s </i>の2通りがあり得るので、配列の場合の数はトータルで2の25乗(3300万種類ほど)となる。<br />
この総数の中で3×3×3のキューブ型に折りたたむことが可能な「配列」を全て計算で求めたところ、22,897種であった。つまり、あり得る配列空間の中のたった約0.07%(=22,897/2の25乗)のみが折りたたみできる、ということである。<br />
この中には(3×3×3のキューブ型にはなるものの)複数の折りたたみ構造をもつ配列も多数あるが、7,268種の配列はその折りたたみ構造が特異的(ユニーク)であった。写真の3種類はいずれもユニークな配列だった。(私の感想としては、このキューブパズルで商品化されている「構造」はごくごくわずかであると言えよう)。<br />
<br />
実はこの辺りの論考は既に世界のパズルマニアが似たような計算をしているということだ(例えば<a href="https://www.jaapsch.net/puzzles/snakecube.htm" target="_blank"> Jaap's Puzzle Pages</a>)。そこで、郷先生はパズルをより蛋白質らしくしていく。このスネークパズルは幾何学的に3×3×3を実現するという点で<span class="st">ファンデルワールス(van der waals: VdW)力</span>をベースにしているとも言えるが、それとは別に疎水相互作用(hydrophobic interaction)を導入したHPパズル、さらにHPパズルと<span class="st">ファンデルワールス</span>を組み合わせた複合(compound)パズルを考案して、これらのパズルの蛋白質らしさについて議論している。実際の蛋白質は20種類のアミノ酸が数百、数千並んで複雑な立体構造になるが、ここで示したように単純なモデルにすることで、蛋白質とは何かという本質を抽出した論文であると言えよう。途中、郷先生自らによる整合性原理の解説も含まれている。<br />
興味をもった方は論文pdfをダウンロード(無料)してぜひ読んでほしい。<br />
<br />
さて、ここからは余談である。この論文はつい最近、今年秋に公開されたが、実は2年ほど前に郷先生がこのような論考をしていることを知った。私は2002~2006年までJSTさきがけ研究者に採択いただいたが、その際の研究総括が郷先生であった(「生体分子の形と機能」領域)。その領域の同窓会が2年前に開催され(注4)、それぞれの近況を短い時間で話す機会があり、そこで郷先生自らが発表したのがこの論文の原型となる内容だった。フォールディング理論のパイオニアの郷先生自らがキューブパズルに着想を得て話しはじめたのだから聴き始めた私が驚いて鳥肌が立ったのは言うまでもない。しかも、キューブパズルは東寺のがらくた市で見つけて入手したということでなお嬉しくなった(注5)。<br />
その同窓会での私の発表でもイントロでキューブパズルを使っていたこともあり、郷先生に、私のブログでさまざまな経路のパズルを紹介しています、と伝えていた。その際にお教えした3種類の経路のパズル(上記のパズルA~C)が、今回の論文の中でユニークな配列の例として実際に使われている。つまり、私自身もこの論文に少し影響を与えたというのは実に光栄なことである。<br />
<br />
以上、このように複雑な事象を単純化して本質を抽出し、さらにそこから複雑な事象に洞察を与える、という研究を自らも進めてみたい。<div><br /></div><span><a name='more'></a></span><div>2021年3月追記</div><div>上記の郷先生の論文は日本語での「生物物理」誌にも掲載され、無料でpdfがダウンロードできる。</div><div>→ <a href="https://doi.org/10.2142/biophys.61.005">https://doi.org/10.2142/biophys.61.005</a><br />
<br />
<!--more--><br />
注1:経路が別々のものや4×4×4の超難解なものをそこそこもっているだけではない。ラボには青色パズル(B)と同じ経路のものが教材として160個程度ある。東工大1年生向けに蛋白質フォールディング入門のような講義を担当しており、その際に生命理工学院1年生全員(150名程度)に一人一個ずつ配布してパズルで遊んでもらって蛋白質フォールディングの難しさを実感してもらっているのだ。10~15分ほどフォールディングにトライしてもらう(遊んでもらう)。「シャペロン」となってフォールディングを完成させる学生は1割に満たない。<br />
<br />
注2:高田彰二「郷モデルの35年」 (生物物理 50(4),158-159,2010)に非常にわかりやすい解説がある。→<a href="https://www.google.com/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=3&cad=rja&uact=8&ved=2ahUKEwjGvtrpnqbmAhV5KqYKHd3KAqMQFjACegQIBBAB&url=https%3A%2F%2Fwww.jstage.jst.go.jp%2Farticle%2Fbiophys%2F50%2F4%2F50_4_158%2F_pdf&usg=AOvVaw3ASB7SiXrvKhAC6VLsDBPP" target="_blank">無料pdfダウンロード</a><br />
<br />
注3:ちなみにこの<i>b</i>が多いほど、すなわち折れ曲がりの数が多いほどパズルは一般に難解になる。すなわち、この三つの中で最も難しいパズルがC、最も簡単なのはBである。<br />
<br />
注4:さきがけ研究の良かった一つは、同世代の関連研究者、領域総括を含めたシニア研究者(アドバイザー)が合宿形式で切磋琢磨するところだ。研究分野はそれほど近すぎないのもよかったし、領域終了後も貴重なネットワークとなっている。<br />
<br />
<table cellpadding="0" cellspacing="0" class="tr-caption-container" style="float: right; margin-left: 1em; text-align: right;"><tbody>
<tr><td style="text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiZdU2HW81l_wEV3JoEy3uSS6Iv0iAHyR-6WgKqrMP8zd7JDWuoJY4czKTW_KbdjZNDl_cKWKjxnbK7tUIMbdLG3SynyW9M6nIRz6KKACaRmvyf9ipAd6pPJhEywthpU3MeS-qnf5aE_rA/s1600/%25E6%259D%25B1%25E5%25AF%25BA%25E5%2585%25AB%25E9%259B%25B2%25E3%2581%25AE%25E7%25B4%258B1.JPG" style="clear: right; margin-bottom: 1em; margin-left: auto; margin-right: auto;"><img border="0" data-original-height="600" data-original-width="600" height="200" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiZdU2HW81l_wEV3JoEy3uSS6Iv0iAHyR-6WgKqrMP8zd7JDWuoJY4czKTW_KbdjZNDl_cKWKjxnbK7tUIMbdLG3SynyW9M6nIRz6KKACaRmvyf9ipAd6pPJhEywthpU3MeS-qnf5aE_rA/s200/%25E6%259D%25B1%25E5%25AF%25BA%25E5%2585%25AB%25E9%259B%25B2%25E3%2581%25AE%25E7%25B4%258B1.JPG" width="200" /></a></td></tr>
<tr><td class="tr-caption" style="text-align: center;">東寺の紋(7量体リング。さらに内部に変性蛋白質)</td></tr>
</tbody></table>
注5:東寺と言えば、その紋がシャペロニンGroELそっくり、ということで以前ブログに登場してもらった(→<a href="http://taguchi-hideki.blogspot.com/2015/08/blog-post_12.html" target="_blank">東寺の紋とシャペロニン</a>)。<br />
東寺はなんとフォールディングに関係することか! <br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br /></div></div>田口 英樹(東工大・研究院/生命理工)http://www.blogger.com/profile/04178909505454562195noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5591719214119573590.post-86841442153885410992019-11-02T22:35:00.001+09:002021-05-05T23:27:01.513+09:00「相分離生物学」(白木賢太郎著)の書評(現代化学誌) この数年の細胞生物学の最大のホットトピックスは「液-液相分離」である。 <br />
<br />
細胞内でタンパク質はいつも均一に溶けて分散しているわけではなく、状況に応じて相分離して、周囲から独立に存在する液滴(ドロプレット)になりうる。<br />
と書いてもピンと来ないかもしれないが、日常生活で言えば、ドレッシングで酢(水)と油が分離している状態は相分離している状態である。<br />
サイエンス誌の2018年の「ブレークスルー・オブ・ザ・イヤー」の一つのトピックスでもある(→<a href="http://www.sciencemag.jp/breakthrough/2018/cells" target="_blank">和文解説</a>)。液-液相分離は英語でLiquid-Liquid Phase Separationなので頭文字を取ってLLPSと呼ばれることも増えている。 <br />
<br />
この液滴は熱力学的に安定な状態へと相分離してできているだけなので界面に膜はない。このため、細胞内での液滴は「膜のないオルガネラ(Membrane-Less
Organelle)」と呼ばれることもある。つまり、脂質膜を持たずに細胞内で隔離された部屋(コンパートメント)を作ることができるのである。液滴はタンパク質だけでできるとは限らず、RNAや他の生体成分を含むことが多い。<br />
<br />
これまで細胞内のタンパク質は溶けているか、アミロイドも含む凝集か、というのが主な存在状態だったと言えるが、そこに液-液相分離でできた液滴もある、ということがわかってきたのだ。この数年、この現象、あの現象、さまざまな生命現象に液-液相分離が適用されることがわかってきた。ということで、細胞内でのタンパク質を研究している人たちにとって相分離現象は今後無視できない状況になっている。<br />
<br />
<a href="http://www.tkd-pbl.com//images/book/457354.jpg" imageanchor="1" style="clear: right; float: right; margin-bottom: 1em; margin-left: 1em;"><img border="0" src="http://www.tkd-pbl.com//images/book/457354.jpg" data-original-height="279" data-original-width="200" /></a>さて、国内で液-液相分離の伝道師として大活躍しているのが筑波大の白木賢太郎さんである。最近、「相分離生物学」を出版して好調な売れ行きだそうだ。<br />
前置きが長くなったが、その書評を「現代化学」2019年11月号に書き、東京化学同人ウェブサイトに全文がpdfで公開されているので紹介したい。<br />
<br />
→<a href="http://www.tkd-pbl.com/book/b457354.html" target="_blank">「相分離生物学」(著:白木賢太郎)の紹介ページ</a><br />
→ <a href="http://www.tkd-pbl.com/files/%E7%9B%B8%E5%88%86%E9%9B%A2%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6%E6%9B%B8%E8%A9%95.pdf" target="_blank">書評「相分離メガネをかけてタンパク質を見直そう」(田口英樹)への直リンク</a>(pdf)<br />
<br />
<br />
<br />
ちなみに私たちのラボでも野島達也博士(中国・東南大学)との共同研究で一つ液-液相分離の研究を今年一つ出している(→ <a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30525489" target="_blank">Nojima T et al Biomacromolecules 2019</a>)<br />
<br />
ーーーーー<br />
これを書きながら思いだした。<br />
今年の「現代化学」にタンパク質の折りたたみやシャペロンなどに関する入門記事「拡がるタンパク質の世界」を執筆したのだった(→<a href="http://www.tkd-pbl.com/book/b457812.html" target="_blank">現代化学2019年7月号</a>)。生命科学を専門としていない読者向けに丁寧に書いたつもりだ。こちらは記事の内容をウェブでは読めないので、読みたい方はバックナンバーを購入いただければ幸いである。<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="http://www.tkd-pbl.com//images/book/457812.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" src="http://www.tkd-pbl.com//images/book/457812.jpg" data-original-height="267" data-original-width="200" height="400" width="299" /></a></div>
<br />田口 英樹(東工大・研究院/生命理工)http://www.blogger.com/profile/04178909505454562195noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5591719214119573590.post-32206064220750607972019-10-24T09:46:00.001+09:002021-05-05T23:27:18.301+09:00「実験医学」誌の特集を企画:「再定義されるタンパク質の常識」すっかりご無沙汰しているこのブログだが、最近の活動を宣伝したい。<br />
<br />
実験医学誌の特集の企画を担当させてもらった。(実験医学2019年11月号)<br />
<br />
題して「<a href="https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/book/9784758125253/3040.html" target="_blank">再定義されるタンパク質の常識</a>」<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<img border="0" data-original-height="756" data-original-width="534" height="400" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgMHndBWI6EE4EsZhw7I4jhn9-OQxSBwPgfPLjZau-t-mHrFkLHtEe8INJHAOMbPS9ntWsEeOykHM3vvMlA4osYSPynza06HOolU_Oymy8TdBtZ9taJdG2d_FQyne0rlQQOIPfFq1Ttygo/s400/%25E5%25AE%259F%25E9%25A8%2593%25E5%258C%25BB%25E5%25AD%25A6%25E8%25A1%25A8%25E7%25B4%25992019-10-24+9.25.41.jpg" width="281" /></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<br /></div>
目次は以下の通りである。<br />
ーーーー<br />
<blockquote class="tr_bq">
再定義されるタンパク質の常識〜古典的なセントラルドグマの刷新と未開拓のタンパク質の世界<br />企画/田口英樹<br /><a href="https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/book/9784758125253/3040.html" target="_blank">概論―従来のタンパク質の常識を超えて拡がる未開拓のタンパク質世界【田口英樹】</a><br />翻訳途上で機能する新生ポリペプチド鎖【千葉志信,田口英樹】<br />リボソームプロファイリングによる網羅的翻訳解析の最前線【木村悠介,岩崎信太郎】<br />質量分析による未開拓プロテオームの探索【松本雅記】<br />神経変性疾患にかかわるリピート関連非ATG依存性翻訳と低複雑性ドメイン【上山盛夫,永井義隆】<br />天然変性タンパク質:既知のこと,未知のこと【太田元規,福地佐斗志】<br />液-液相分離による酵素連続反応【浦 朋人,白木賢太郎】<br />合理デザインによる新規タンパク質の創出:現状とその可能性【小杉貴洋,古賀理恵,古賀信康】</blockquote>
ーーーー<br />
<br />
私が読者だったら読みたいトピックスに関して研究を展開している方々に原稿を依頼して書いていただいた。タンパク質の新しい常識について幅広く知っていただける内容になったと自負している。<br />
<br />
研究室で購読していれば既にお手元に届いている頃だが、まだの方は、私が冒頭に書いた概論はオンラインで無料で読める。<br />
<br />
<a href="https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/book/9784758125253/3040.html" target="_blank">概論―従来のタンパク質の常識を超えて拡がる未開拓のタンパク質世界【田口英樹】</a><br />
<br />
私が考えるタンパク質研究の歴史についての総説(特にタンパク質フォールディングを起点とした内容)にもなっているので、興味ある方はぜひご覧ください。<br />
<br />
同誌には、10年近く年に二回、注目論文の解説コラムを執筆してきており、ときおり編集者の方々と意見交換をしてきた。その中で、最近私が考えているタンパク質の見方について披露したら面白がってくれて特集になった、という経緯である。<br />
<br />
表紙には、マイコレクションのキューブパズルを使っていただいた。<br />
主にパズルが崩れた状態(タンパク質の変性状態)や絡まった状態(タンパク質凝集体)の写真なので、全部完成した状態(フォールディングした構造)を付けた写真を撮ってみた。<br />
<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiZZWcKU3GHBWFidupQijMsydLiEBiM6Ge8JBtKph37XM2FASPCffWrmNmZJrIC_YQklzdIEMVgWFbbjZ9poiU-GZfxlMSlsBXJeMDZ7kXunFVO7xrtydqmgdTgVYXcPwrNmelWw37q1zk/s1600/2019-10-24%25E5%25AE%259F%25E9%25A8%2593%25E5%258C%25BB%25E5%25AD%25A6%25E3%2581%25A8%25E3%2582%25AD%25E3%2583%25A5%25E3%2583%25BC%25E3%2583%2595%25E3%2582%2599%25E3%2583%258F%25E3%2582%259A%25E3%2582%25B9%25E3%2582%2599%25E3%2583%25AB.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="1600" data-original-width="1600" height="400" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiZZWcKU3GHBWFidupQijMsydLiEBiM6Ge8JBtKph37XM2FASPCffWrmNmZJrIC_YQklzdIEMVgWFbbjZ9poiU-GZfxlMSlsBXJeMDZ7kXunFVO7xrtydqmgdTgVYXcPwrNmelWw37q1zk/s400/2019-10-24%25E5%25AE%259F%25E9%25A8%2593%25E5%258C%25BB%25E5%25AD%25A6%25E3%2581%25A8%25E3%2582%25AD%25E3%2583%25A5%25E3%2583%25BC%25E3%2583%2595%25E3%2582%2599%25E3%2583%258F%25E3%2582%259A%25E3%2582%25B9%25E3%2582%2599%25E3%2583%25AB.jpg" width="400" /></a></div>
<br />
おまけで、キューブパズルでの7量体構造。<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhn5DTdw6csTpX3Qjogn_qwaTiZw7aro8c16En_5m_fQmUcLUV682VjyxBwdLyXQGtF3JL83R_JgxMtrLrDBKrWVfK16ZJXkzBEmFwrJCL15kBYNLPoYG1fEljrIrW5fEaZXWekBDJKnrU/s1600/%25E3%2582%25AD%25E3%2583%25A5%25E3%2583%25BC%25E3%2583%2595%25E3%2582%2599%25E3%2583%258F%25E3%2582%259A%25E3%2582%25B9%25E3%2582%2599%25E3%2583%25AB%25E3%2581%25A6%25E3%2582%25997%25E8%25A7%2592%25E5%25BD%25A2.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="1600" data-original-width="1600" height="200" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhn5DTdw6csTpX3Qjogn_qwaTiZw7aro8c16En_5m_fQmUcLUV682VjyxBwdLyXQGtF3JL83R_JgxMtrLrDBKrWVfK16ZJXkzBEmFwrJCL15kBYNLPoYG1fEljrIrW5fEaZXWekBDJKnrU/s200/%25E3%2582%25AD%25E3%2583%25A5%25E3%2583%25BC%25E3%2583%2595%25E3%2582%2599%25E3%2583%258F%25E3%2582%259A%25E3%2582%25B9%25E3%2582%2599%25E3%2583%25AB%25E3%2581%25A6%25E3%2582%25997%25E8%25A7%2592%25E5%25BD%25A2.jpg" width="200" /></a></div>
<br />
<br />田口 英樹(東工大・研究院/生命理工)http://www.blogger.com/profile/04178909505454562195noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5591719214119573590.post-2487079901437315722019-01-06T13:36:00.001+09:002019-01-06T13:38:15.324+09:00シャペロニン7量体的なギフト前回の続きを書くといいつつ、そのままになっていた。<br />
<br />
その間にもブログのネタが持ち込まれたので紹介したい。シャペロニンタンパク質に関するサイエンスの内容も少し含むはずである。<br />
<br />
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiIAlvpd7oR0VS9EA03c31etAVMWjJAgmr21P-RzvFxr8EesTqLiLd_0CaEbBTTsAqQ6FqnQJ-USE1Lq4GQwEVCqmS_3QgfVLUMAoqonkzL2XdyVsTlgKbxAmWLZq5IwLWBn8hawIJoiaM/s1600/201812gift.jpg" imageanchor="1" style="clear: right; float: right; margin-bottom: 1em; margin-left: 1em;"><img border="0" data-original-height="900" data-original-width="900" height="200" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiIAlvpd7oR0VS9EA03c31etAVMWjJAgmr21P-RzvFxr8EesTqLiLd_0CaEbBTTsAqQ6FqnQJ-USE1Lq4GQwEVCqmS_3QgfVLUMAoqonkzL2XdyVsTlgKbxAmWLZq5IwLWBn8hawIJoiaM/s200/201812gift.jpg" width="200" /></a> 先月、お茶の水女子大附属高校でのウインターレクチャーというのを担当することになり、「タンパク質は "かたち"がいのち」と題した講義を高1、2生向けにした。そのあと、お茶大の佐藤敦子さんがホストで大学学部生や院生などにセミナーし、さらにラボでの忘年会にもお誘いいただいた。<br />
<br />
楽しい時間を過ごし、そろそろ帰ろうかというときにプレゼントがあるという。佐藤さんいわく、「田口さんのためと思って探してきたモノです」と。<br />
<br />
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhmcN5FN-bFzSkDutr_oxLcoypPkQWnzCYGvBUtr_oxrbrnm_oxL4kWixE_IHr0TTAZjpHghVRDZDm-MnrDFDms8kB6SwbuIu90kvAEMi6K-dD8Br11ev2w_rsu044IouplE7PlWqCty_I/s1600/201812gift_2.jpg" imageanchor="1" style="clear: left; float: left; margin-bottom: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="900" data-original-width="900" height="200" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhmcN5FN-bFzSkDutr_oxLcoypPkQWnzCYGvBUtr_oxrbrnm_oxL4kWixE_IHr0TTAZjpHghVRDZDm-MnrDFDms8kB6SwbuIu90kvAEMi6K-dD8Br11ev2w_rsu044IouplE7PlWqCty_I/s200/201812gift_2.jpg" width="200" /></a>開けてみると、中にはニンニクが一個入っていた・・・。<br />
おや、と思って、よく見ると、ピンときた。で、房を数える。<br />
<br />
1、2,・・・・7!<br />
<br />
つまり、房が7つのニンニクということで、私が長年研究している7量体リングからなるGroELもどきだったのだ(注1)。<br />
<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhpaDMqIto64I50JjDknZh5xoxL2Yq4cgWM7MwG5URaAlcOkQ6HcgoZJQPeAKVUfyPkBycZdyz6_VjrKjUcRGSuJGiHFpAZP0ndTIvyoiYIjVGhQ2Fu4eMkod1aEUsA1oMd-Ll9jZ1JNZE/s1600/20181214%25EF%25BC%2597%25E9%2587%258F%25E4%25BD%2593%25E3%2583%258B%25E3%2583%25B3%25E3%2583%258B%25E3%2582%25AF-2.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="900" data-original-width="900" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhpaDMqIto64I50JjDknZh5xoxL2Yq4cgWM7MwG5URaAlcOkQ6HcgoZJQPeAKVUfyPkBycZdyz6_VjrKjUcRGSuJGiHFpAZP0ndTIvyoiYIjVGhQ2Fu4eMkod1aEUsA1oMd-Ll9jZ1JNZE/s320/20181214%25EF%25BC%2597%25E9%2587%258F%25E4%25BD%2593%25E3%2583%258B%25E3%2583%25B3%25E3%2583%258B%25E3%2582%25AF-2.jpg" width="320" /></a></div>
<br />
うれしくなって感謝を述べ、その場でかじるわけにもいかないので、家に持ち帰り、料理に使わせてもらった。<br />
<br />
さて、この7量体ニンニクを見ながら、ちょっといびつだよなぁって思ったところで、思いだした私たちの以前の研究がある。<br />
<br />
それは、好熱菌のシャペロニン複合体の構造を決めたら、大腸菌のGroELと違って、7回対称が崩れてていびつだったのだ(<a href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0969212604002370?via%3Dihub" target="_blank">Shimamura T. et al, Structure 12, 1471-1480, 2004</a> 当時まだイギリスにいた岩田想さん、島村さんらとの共同研究)。なぜ対称でなくひずみが出たかというと、それはこのシャペロニン複合体には基質タンパク質が空洞内に詰まっているからだという結論である(注2)。<br />
<br />
<table align="center" cellpadding="0" cellspacing="0" class="tr-caption-container" style="margin-left: auto; margin-right: auto; text-align: center;"><tbody>
<tr><td style="text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgaWAcFKsTDHGndm3RaCqp49XM34b98L7PRfLehI06Y1zRkrmGk8UXYh9LcwAuiOJfSvessUam4LHYb5NDWcvmW2odCSZy7X6RHGu51AWvUMfq4QYgleDy2NC1c8zdYMiySf0n4iBhKyx0/s1600/%25E9%259D%259E%25E5%25AF%25BE%25E7%25A7%25B0GroEL%25EF%25BC%2597%25E9%2587%258F%25E4%25BD%2593.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: auto; margin-right: auto;"><img border="0" data-original-height="689" data-original-width="1222" height="225" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgaWAcFKsTDHGndm3RaCqp49XM34b98L7PRfLehI06Y1zRkrmGk8UXYh9LcwAuiOJfSvessUam4LHYb5NDWcvmW2odCSZy7X6RHGu51AWvUMfq4QYgleDy2NC1c8zdYMiySf0n4iBhKyx0/s400/%25E9%259D%259E%25E5%25AF%25BE%25E7%25A7%25B0GroEL%25EF%25BC%2597%25E9%2587%258F%25E4%25BD%2593.jpg" width="400" /></a></td></tr>
<tr><td class="tr-caption" style="text-align: center;">Shimamura T et al. Structure 2004より抜粋。左が好熱菌GroEL/ES複合体のGroEL部分。対称性が崩れていて、二種類の構造(I型とII型)の混合となっている。右側は大腸菌のGroELで7回対称のリングである。</td></tr>
</tbody></table>
<br />
最初に論文を投稿した際、レフェリーにこのいびつな構造が信じてもらえず、苦労したのだが、その後、電顕での構造でも同様の7回対称の崩れが確認された(<a href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0969212609000288?via%3Dihub" target="_blank">Kanno R et al, Structure 17, 287-293, 2009</a> 光岡薫さんらとの共同研究)。<br />
<br />
<table align="center" cellpadding="0" cellspacing="0" class="tr-caption-container" style="margin-left: auto; margin-right: auto; text-align: center;"><tbody>
<tr><td style="text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhYmWBIBbRXWbW8sHWDvAfnzje0LFLii9MxrwuG_gpUZ5-FcErsIZ3Hzwp5EmlZNhhWUvBBF1dxUrnEapqU9zAiRqgaXGrQdGNTPVJo4hN3HFfMBTF2q2bm1FSsLqTpxQsvH90ahj10FiY/s1600/kanno_2009.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: auto; margin-right: auto;"><img border="0" data-original-height="567" data-original-width="564" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhYmWBIBbRXWbW8sHWDvAfnzje0LFLii9MxrwuG_gpUZ5-FcErsIZ3Hzwp5EmlZNhhWUvBBF1dxUrnEapqU9zAiRqgaXGrQdGNTPVJo4hN3HFfMBTF2q2bm1FSsLqTpxQsvH90ahj10FiY/s320/kanno_2009.jpg" width="318" /></a></td></tr>
<tr><td class="tr-caption" style="text-align: center;">Kanno R. et al, Structure 2009より抜粋</td></tr>
</tbody></table>
<br />
さらには、他のグループも最終的には非対称なGroELリングを認めて論文に載せている(例えば、<a href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S009286741300528X?via%3Dihub" target="_blank">Chen D-H et al Cell 2013</a>)。<br />
<br />
<table cellpadding="0" cellspacing="0" class="tr-caption-container" style="float: right; margin-left: 1em; text-align: right;"><tbody>
<tr><td style="text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjpAX6Zsa5JwiukPahzBYdpHg9MqC5ZII1ux0gpRKOS7zkp1ooxE9EYPn_8loAgXApRLjT1FW_D73gGGFn6CU1rFh5IJT2kt43ORvQa6f6xFhdfSGtpQjl9L8ic6K87RxmVZi_g5DCS3no/s1600/sakikawaJBC1999_2.jpg" imageanchor="1" style="clear: right; margin-bottom: 1em; margin-left: auto; margin-right: auto;"><img border="0" data-original-height="699" data-original-width="507" height="200" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjpAX6Zsa5JwiukPahzBYdpHg9MqC5ZII1ux0gpRKOS7zkp1ooxE9EYPn_8loAgXApRLjT1FW_D73gGGFn6CU1rFh5IJT2kt43ORvQa6f6xFhdfSGtpQjl9L8ic6K87RxmVZi_g5DCS3no/s200/sakikawaJBC1999_2.jpg" width="145" /></a></td></tr>
<tr><td class="tr-caption" style="text-align: center;">Sakikawa et al JBC 1999より</td></tr>
</tbody></table>
GroELは空洞内に基質タンパク質を閉じ込めた際、閉じ込めたタンパク質によってはけっこう窮屈だということは以前の研究から予想されていたが(例えば、私たちの <a href="http://www.jbc.org/content/274/30/21251.long" target="_blank">Sakikawa C et al J Biol Chem 1999 </a><br />
など)、実際GroELのカゴ構造にまで影響を及ぼしているということを意味する。<br />
<br />
ということで、ニンニクを眺めながらGroELに思いを巡らさせてくれた佐藤さんに改めて感謝したい。<br />
<br />
<br />
ーーーーー<br />
<span style="font-size: x-small;">注1:通常のニンニクの房の数がいくつくらいなのかよく知らないが、6~10房くらいだろうか。</span><br />
<span style="font-size: x-small;"><br /></span>
<span style="font-size: x-small;">注2:ついでに言えば、その論文では、空洞内に閉じ込められた好熱菌シャペロニンの基質タンパク質20数種類の同定も質量分析で行った。</span><br />
<br />
<br />田口 英樹(東工大・研究院/生命理工)http://www.blogger.com/profile/04178909505454562195noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5591719214119573590.post-82702327019565611812018-09-16T23:05:00.000+09:002021-05-05T23:28:28.692+09:00新規フォールディング経路のキューブパズル前回のブログエントリーにてフランスの学生から立体パズルをもらったことを書いたばかりだが、帰国したその学生から、お礼ということで二つ気の利いたモノをもらった。<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjVSD-8TV4xVu20-Jw5eY7cOMXfB8LNaNfQmKgLXZara8cw85w3Y5KLEuQdsxp9p7tg1xVm_2_bOaOmxW14KFLTLiGy2RcVTUL-rWIb1STkptR_REyNejQwqHsJspZYsl8JIXJZuPrU_Xc/s1600/2018-09-16cube1.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="900" data-original-width="900" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjVSD-8TV4xVu20-Jw5eY7cOMXfB8LNaNfQmKgLXZara8cw85w3Y5KLEuQdsxp9p7tg1xVm_2_bOaOmxW14KFLTLiGy2RcVTUL-rWIb1STkptR_REyNejQwqHsJspZYsl8JIXJZuPrU_Xc/s320/2018-09-16cube1.jpg" width="320" /></a></div>
<br />
下に写っているのは、ルノワールの「<a href="https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%A0%E3%83%BC%E3%83%A9%E3%83%B3%E3%83%BB%E3%83%89%E3%83%BB%E3%83%A9%E3%83%BB%E3%82%AE%E3%83%A3%E3%83%AC%E3%83%83%E3%83%88%E3%81%AE%E8%88%9E%E8%B8%8F%E4%BC%9A" target="_blank">ムーラン・ド・ラ・ギャレットの舞踏会</a>」のマグネット。オルセー美術館のショップで買い求めてくれたらしい。<br />
この中心の貴婦人が「シャペロン」であるというのがシャペロンの解説の定番?である。最近では昨年ブレークスルー賞(賞金300万ドル!)を受賞した京大の森和俊さんが受賞時の記者会見でこの絵を使ってシャペロンのコンセプトを説明していた(→<a href="https://www.sankei.com/west/photos/171207/wst1712070075-p1.html" target="_blank">記者会見のようすの写真</a>)。<br />
<br />
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjaORzkUzfNdrj6NmNcdEzBeMUyeGq_DEvI-QMUyzxbIdQEyG-4DOyjfD6456IyIvbkLUHebCSV6MchPb-yQOheF-fMrRjquCGjHJas0PMrI8gEQn5D49L0j9Z12bs8-ZNUW-8NZolngGo/s1600/2018-09-16cube5.jpg" imageanchor="1" style="clear: right; float: right; margin-bottom: 1em; margin-left: 1em;"><img border="0" data-original-height="900" data-original-width="900" height="200" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjaORzkUzfNdrj6NmNcdEzBeMUyeGq_DEvI-QMUyzxbIdQEyG-4DOyjfD6456IyIvbkLUHebCSV6MchPb-yQOheF-fMrRjquCGjHJas0PMrI8gEQn5D49L0j9Z12bs8-ZNUW-8NZolngGo/s200/2018-09-16cube5.jpg" width="200" /></a><br />
さて、本題はおなじみのキューブ型のパズルである。私にはタンパク質のフォールディングに見えて仕方が無いという代物で、このブログでも何回も登場してもらった。<br />
<br />
キューブを崩すと、右のようになる。タンパク質になぞえれば完成した3×3×3の状態が「天然構造」、ほぐしたあとは「変性状態」である。<br />
<br />
学部1年生向けの講義や高校生向けの出張講義などでもタンパク質の立体構造形成(フォールディング)を知ってもらうために大活躍してもらっている。<br />
<br />
と書くと、このパズルはもういいよ、と思われるかもしれないが、ちょっと新しい点があった。<br />
<br />
崩したあとに、完成させるのが難しいのである。<br />
<br />
この手のパズルを入手したあと、研究室のみなが集まる部屋に置いておくのだが、このパズルは数日経っても学生たちが誰も解けない。<br />
<br />
このパズルは完成型は3×3×3のキューブで同じように見えるが、実は経路がさまざまである。<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjR965BPPdWLtSVFmaHdIblA6fsZXP_Jl6dpVngsw3KE343YuULwZQrKkgBAIg8N3UAGpK-7RCTOJQBaBIEJVtb88zg_tgOwViDGyoALMkiRYp_2AYobp1mBG6WpOOjdIbu5s4WiDbaltA/s1600/2018-09-16cube3.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="900" data-original-width="900" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjR965BPPdWLtSVFmaHdIblA6fsZXP_Jl6dpVngsw3KE343YuULwZQrKkgBAIg8N3UAGpK-7RCTOJQBaBIEJVtb88zg_tgOwViDGyoALMkiRYp_2AYobp1mBG6WpOOjdIbu5s4WiDbaltA/s320/2018-09-16cube3.jpg" width="320" /></a></div>
<br />
この写真の左下が今回もらったパズルだが、それ以外に何種類ももっている。<br />
右下は一番最初に入手したもので、今では目をつむっていても解ける。その右下のと、奥のカラフルな中の青色は同じ経路だが、他のは全部作りがちがう。<br />
<br />
以前のブログエントリーに経路の写真を全部載せている(→<a href="http://taguchi-hideki.blogspot.com/2010/12/blog-post.html" target="_blank">経路のちがうフォールディングパズル</a>)。<br />
<br />
今回いただいたパズルの作りを見てみよう。<br />
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<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjB1te0gNBJbdJA9S090_kD1r0Qd_EVC5QrzRQLlFmKWcw-rQnxaKPSeWa-SeGfSBfd3oI970HpSI5-KGYWMFKzKziXK1sMdT43c_uiHT7ohOgo8I-r9kKdR7eoGlflNKTjTh0qRd2ZcQw/s1600/2018-09-16cube4.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="900" data-original-width="900" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjB1te0gNBJbdJA9S090_kD1r0Qd_EVC5QrzRQLlFmKWcw-rQnxaKPSeWa-SeGfSBfd3oI970HpSI5-KGYWMFKzKziXK1sMdT43c_uiHT7ohOgo8I-r9kKdR7eoGlflNKTjTh0qRd2ZcQw/s320/2018-09-16cube4.jpg" width="320" /></a></div>
<br />
一番下が、今回もらったパズルだ。その上の以前からあるのと違うのがわかるであろう(下から二番目と青色は同じ作り)。<br />
<br />
なぜ難しいかというと、新しいのは可動部が多いからだ。<br />
<br />
下から二番目と青色のを例に取ると、3つパーツが並んでいる部分が9ヶ所あるが、新しいのは、3ヶ所しかない。つまり2つ連続部が多いので可動部が多いのである。可動部が多いほど取り得る「変性状態」の場合の数が多くなるので、パズルとしての難しさが高まるのである。<br />
<br />
タンパク質のフォールディングと通じるものがある。<br />
<br />
この話しには続きがある。ちょっと確認しないといけない内容もあるので、確認が取れたら続編をいずれ書いてみたい。<br />
<br />田口 英樹(東工大・研究院/生命理工)http://www.blogger.com/profile/04178909505454562195noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5591719214119573590.post-31607303233885168562018-08-05T14:35:00.000+09:002021-05-05T23:28:42.707+09:00フランス産の立体パズルを手土産で<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
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いまラボに一種の共同研究でフランスの大学から修士学生が2ヵ月ほど来ている。</div>
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<br /></div>
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来日後、研究室にお菓子を持ってきてくれたあと、私にもお土産があるということで何かと思ったら、フランス産の立体パズルであった。 袋を開いた瞬間、顔がほころびたいへん喜んだのは言うまでもない。気の利いた手土産だ。</div>
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<br /></div>
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<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgN3rhoYfta2uBynT6aNWDWnq4HFw0f4hyCaK18_CoYbKb4-muIkDX77iTDTQZABlSmDuyaQJlCdX4B6Ub4pa1odnMdXkvn7OiITilfJzk0d9i5yijQ4FWe4j8KTzhWZMVJazqNXYyg7oI/s1600/2018naomi_puzzle.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="900" data-original-width="900" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgN3rhoYfta2uBynT6aNWDWnq4HFw0f4hyCaK18_CoYbKb4-muIkDX77iTDTQZABlSmDuyaQJlCdX4B6Ub4pa1odnMdXkvn7OiITilfJzk0d9i5yijQ4FWe4j8KTzhWZMVJazqNXYyg7oI/s320/2018naomi_puzzle.jpg" width="320" /></a></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: left;">
<br /></div>
この学生Nさんは、昨年一度打ち合わせで来日し、私のオフィスに来ている。<br />
そのときに、オフィスにところ狭しと並んでいるパズルやおもちゃが印象的だったのか、このブログを見ていたのかは聞いてない。が、私の趣味をきちんと理解してくれていたみたいで嬉しい限りである。<br />
<br />
<br />
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<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhjIylXyuSqiSea3TW4n7rgIJihTBfB_kIMRWYVmYSYwPotIiGaEgpKjPZbH13OCJVFrQMyNrUcOMOeFgAPmTbHxBX5_4fUoq0rGzDt4z_d2Aq1LdJdpLRKlCwd7-UsGhzbpEiUxX38NL0/s1600/kumiki3.jpg" imageanchor="1" style="clear: left; float: left; margin-bottom: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="900" data-original-width="900" height="200" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhjIylXyuSqiSea3TW4n7rgIJihTBfB_kIMRWYVmYSYwPotIiGaEgpKjPZbH13OCJVFrQMyNrUcOMOeFgAPmTbHxBX5_4fUoq0rGzDt4z_d2Aq1LdJdpLRKlCwd7-UsGhzbpEiUxX38NL0/s200/kumiki3.jpg" width="200" /></a></div>
左側のは、組み木パズル。つまようじみたいな細い棒を抜くと太めの棒がバラバラになって、それを対称性の高い立体に戻す。<br />
<br />
似たようなパズルはもっていて、だいぶ前に一度紹介したかもしれないが、そのときのパズルはパーツが散逸して二度と戻らなくなっている。<br />
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<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEg1lO5maCxKFOBGc8KkLiqX40jx1y1hgLed2x2-i4ApKcQHG9gNNd0ue_9EYtSO0u39xtmWwxmS9muwj34inQFcpTi5mbx5qOvDF33iYxZyCPCZwf3eLG_gS-WJ5g3mW2SedjHSlW6w0X8/s1600/cube1.jpg" imageanchor="1" style="clear: right; float: right; margin-bottom: 1em; margin-left: 1em;"><img border="0" data-original-height="900" data-original-width="900" height="200" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEg1lO5maCxKFOBGc8KkLiqX40jx1y1hgLed2x2-i4ApKcQHG9gNNd0ue_9EYtSO0u39xtmWwxmS9muwj34inQFcpTi5mbx5qOvDF33iYxZyCPCZwf3eLG_gS-WJ5g3mW2SedjHSlW6w0X8/s200/cube1.jpg" width="200" /></a>もう一つのは一見おなじみのキューブパズルだが、拡げるとロボット的になるというパズル。<br />
<br />
これも同様のを以前紹介したなと調べるともう5年ほど前に載せていた。「<a href="http://taguchi-hideki.blogspot.com/2013/04/blog-post_14.html" target="_blank">キューブ型パズルと思いきや・・・</a>」 <br />
<br />
<br /><br />
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崩すと、こんな感じになる。一本のヒモ状ではなく枝分かれ構造である。<br />
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<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjYWJxmA_1pQMCtc8dOGjh-PgnnEjJjlx2n6ETsnRMKrzkmwarNJinjTxWiRyuogXO12uAt_GFPmy-P2vLCLJJ7c4Ctp66sfj3sa1zpF_thYxsNO9pzDM2veTbHnJuuQo3KnhI4oOAkJ0c/s1600/cube2.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="900" data-original-width="900" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjYWJxmA_1pQMCtc8dOGjh-PgnnEjJjlx2n6ETsnRMKrzkmwarNJinjTxWiRyuogXO12uAt_GFPmy-P2vLCLJJ7c4Ctp66sfj3sa1zpF_thYxsNO9pzDM2veTbHnJuuQo3KnhI4oOAkJ0c/s320/cube2.jpg" width="320" /></a></div>
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<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEisq8_UlLmgO1NVSy2aKYJauuStGtxb89qkthqXglhl01zB-icLsG-iCT-Deguip2EH8iRK8NbF0BHV3Wtq8GFGTdDxJE64K31Y1HecphamRAHwEafU75VvF17ut1Ec7HKtyyPWExUiR9g/s1600/cube3.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="900" data-original-width="900" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEisq8_UlLmgO1NVSy2aKYJauuStGtxb89qkthqXglhl01zB-icLsG-iCT-Deguip2EH8iRK8NbF0BHV3Wtq8GFGTdDxJE64K31Y1HecphamRAHwEafU75VvF17ut1Ec7HKtyyPWExUiR9g/s320/cube3.jpg" width="320" /></a></div>
<br />
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実は、このキューブ型ロボットパズルは、<br />
今年の5月にアメリカに行った際のMOMAでも新調して、ラボに置いていた。<br />
学生が、その「兄弟」と一緒に肩車した状態で飾ってあったのが、右の写真。<br />
<br />
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<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiDX2qWMNKVK8-hBeC24aPX4vsW5EzLPQYkNWh7Q8rRLjLHqp61mfTzebUIJWlstcCpY6zLv3J85bszsRvFEWfcWfQhcOXUPYSMf5gMg3qDp8p5WpQhyphenhyphengP9i20T1xBNKVIC66Eo03skbwk/s1600/kataguruma.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="900" data-original-width="900" height="400" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiDX2qWMNKVK8-hBeC24aPX4vsW5EzLPQYkNWh7Q8rRLjLHqp61mfTzebUIJWlstcCpY6zLv3J85bszsRvFEWfcWfQhcOXUPYSMf5gMg3qDp8p5WpQhyphenhyphengP9i20T1xBNKVIC66Eo03skbwk/s400/kataguruma.jpg" width="400" /></a></div>
<br />
Nさん、ありがとうございました!<br />
<br />
これを読んでいる皆さんも、こんなおもちゃやパズルがありますよ、という情報があったらぜひお寄せください。もちろんお土産も歓迎します。田口 英樹(東工大・研究院/生命理工)http://www.blogger.com/profile/04178909505454562195noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5591719214119573590.post-73364802238331561852018-03-24T12:49:00.000+09:002021-05-05T23:31:04.608+09:00シャペロニン的?なアートカレンダー 3月に恒例の追いコンにて卒業生一同よりプレゼントをもらった。<br />
<br />
MoMAストアのパーペチュアル(永久)カレンダーである。MoMAのグッズははこれまでにも多数このブログで紹介していることからわかるように、好みに合った立体的に美しいアート作品だ。<br />
<br />
とりあえず、カレンダーをテーブルに置いた状態。磁石がうまく使われていて月と日を手動でセットする。<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
</div>
<br />
<table align="center" cellpadding="0" cellspacing="0" class="tr-caption-container" style="margin-left: auto; margin-right: auto; text-align: center;"><tbody>
<tr><td style="text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEg-6pBzyjiNGJPCPsD8qOd_uo9Q5DNopCkxRCvdZZ-l9wMBHocpphyphenhyphenVWHkVZ-HvXJUDIA8063r2FcrpIYuiL-kO35IabzRh76Gm4ZtqDN-QUDIC9vAcGJhx4_CAA6bTYJls0O0Bm_UpS84/s1600/calendar1-4.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: auto; margin-right: auto;"><img border="0" data-original-height="1141" data-original-width="1141" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEg-6pBzyjiNGJPCPsD8qOd_uo9Q5DNopCkxRCvdZZ-l9wMBHocpphyphenhyphenVWHkVZ-HvXJUDIA8063r2FcrpIYuiL-kO35IabzRh76Gm4ZtqDN-QUDIC9vAcGJhx4_CAA6bTYJls0O0Bm_UpS84/s320/calendar1-4.jpg" width="320" /></a></td></tr>
<tr><td class="tr-caption" style="text-align: center;">MoMA Perpetual calendar</td></tr>
</tbody></table>
月と日の部分を拡大した写真。<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
</div>
<table align="center" cellpadding="0" cellspacing="0" class="tr-caption-container" style="margin-left: auto; margin-right: auto; text-align: center;"><tbody>
<tr><td style="text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgqRHgeGyXHT20YNjUB6oiW-x8xZAZHcV48cRmZxp3FMXths6i76PyVdsB4hkxOjH3iP6YeeadWDaXBIkhR6Pk465MaRKh3_cWNK-VaKGN2hxcaqg2N9pM7lROp6evhcqvcykPMJvxPPgM/s1600/calendar2.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: auto; margin-right: auto;"><img border="0" data-original-height="1600" data-original-width="1600" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgqRHgeGyXHT20YNjUB6oiW-x8xZAZHcV48cRmZxp3FMXths6i76PyVdsB4hkxOjH3iP6YeeadWDaXBIkhR6Pk465MaRKh3_cWNK-VaKGN2hxcaqg2N9pM7lROp6evhcqvcykPMJvxPPgM/s320/calendar2.jpg" width="320" /></a></td></tr>
<tr><td class="tr-caption" style="text-align: center;"> 3月24日にセットしたところ</td></tr>
</tbody></table>
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjdQyEjQXWecrwGGAykk2F1lt7gcKdE0Livr8a0zKO-03DCQ8FP881krgiyTxpaj6TdCJsBbUwJsuSvpOuan0QA9EJgKnkB2unJzaSMpG9Bnamj9xppcaccrsjuS2z-GsKq5OqyUJXa864/s1600/football.jpg" imageanchor="1" style="clear: right; float: right; margin-bottom: 1em; margin-left: 1em;"></a><br /><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjdQyEjQXWecrwGGAykk2F1lt7gcKdE0Livr8a0zKO-03DCQ8FP881krgiyTxpaj6TdCJsBbUwJsuSvpOuan0QA9EJgKnkB2unJzaSMpG9Bnamj9xppcaccrsjuS2z-GsKq5OqyUJXa864/s1600/football.jpg" imageanchor="1" style="clear: right; float: right; margin-bottom: 1em; margin-left: 1em;"></a><table cellpadding="0" cellspacing="0" class="tr-caption-container" style="float: right; text-align: right;"><tbody>
<tr><td style="text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjdQyEjQXWecrwGGAykk2F1lt7gcKdE0Livr8a0zKO-03DCQ8FP881krgiyTxpaj6TdCJsBbUwJsuSvpOuan0QA9EJgKnkB2unJzaSMpG9Bnamj9xppcaccrsjuS2z-GsKq5OqyUJXa864/s1600/football.jpg" imageanchor="1" style="clear: right; margin-bottom: 1em; margin-left: auto; margin-right: auto;"><img border="0" data-original-height="268" data-original-width="200" height="200" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjdQyEjQXWecrwGGAykk2F1lt7gcKdE0Livr8a0zKO-03DCQ8FP881krgiyTxpaj6TdCJsBbUwJsuSvpOuan0QA9EJgKnkB2unJzaSMpG9Bnamj9xppcaccrsjuS2z-GsKq5OqyUJXa864/s200/football.jpg" width="149" /></a></td></tr>
<tr><td class="tr-caption" style="text-align: center;">GroELーGroESフットボール模式図</td></tr>
</tbody></table>
<br />
さて、これを選んだ学生いわく、このカレンダーはシャペロニンのフットボールに似ているという。正円を黒い棒が真ん中から分断しているのでダブルリングに見えるということだろう。<br />
<br />
あと、空間が抜けているところもシャペロニンっぽいかもしれない。つまり、シャペロニンの場合、空洞に基質タンパク質を格納することが機能の本質であり、このカレンダーでは月日を抜けたところに置いているということだ。<br />
<br />
<br />
とは言え、形状としてはカレンダーをそのまま見ても若干無理があるなぁと思いつつ、撮影しながら傾けて見ると楕円形になりフットボールっぽくなった。<br />
<br />
<table align="center" cellpadding="0" cellspacing="0" class="tr-caption-container" style="margin-left: auto; margin-right: auto; text-align: center;"><tbody>
<tr><td style="text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgmLK6SSP3UxrFLYMQbRS1ZmeFDf56tIwDaKrpIRVr4Zg6okBoJN5CUyGw7u5DZ_fqtyMdVxaXmfL_XeuhjDgdBLqQnKm1al2Qj6Q2BOCpAr7tiIq4bWC5pH1mnpj7jCmkxe2HzZ_unMS8/s1600/calendar3.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: auto; margin-right: auto;"><img border="0" data-original-height="1200" data-original-width="1200" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgmLK6SSP3UxrFLYMQbRS1ZmeFDf56tIwDaKrpIRVr4Zg6okBoJN5CUyGw7u5DZ_fqtyMdVxaXmfL_XeuhjDgdBLqQnKm1al2Qj6Q2BOCpAr7tiIq4bWC5pH1mnpj7jCmkxe2HzZ_unMS8/s320/calendar3.jpg" width="320" /></a></td></tr>
<tr><td class="tr-caption" style="text-align: center;">「フットボール」二つ</td></tr>
</tbody></table>
奥に置いたのは3Dプリンターで作成したGroELとGroESのフットボール模型だ。<br />
<br />
ところで、昨年3月は<a href="http://taguchi-hideki.blogspot.jp/2017/03/groel.html" target="_blank">シャペロニンGroELもどきのサボテン</a>ということだった。そのサボテンも立派に成長してラボに置いてあるので一緒に撮影。<br />
<br />
<table align="center" cellpadding="0" cellspacing="0" class="tr-caption-container" style="margin-left: auto; margin-right: auto; text-align: center;"><tbody>
<tr><td style="text-align: center;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgPJWvudg5-B8gbmY1nupx1KJYT_4f6iafupMdiIcZLyFzhM4YWFjvC0uBQLNc7IkqQvlZQAEbxWOqNLpQj8fz8lBTZnAKoY9c7CXL011XHru91bjZ6fwlhdmqhkUxj5d5cGCKH9fB2AsQ/s1600/calendar4-1.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: auto; margin-right: auto;"><img border="0" data-original-height="1200" data-original-width="1200" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgPJWvudg5-B8gbmY1nupx1KJYT_4f6iafupMdiIcZLyFzhM4YWFjvC0uBQLNc7IkqQvlZQAEbxWOqNLpQj8fz8lBTZnAKoY9c7CXL011XHru91bjZ6fwlhdmqhkUxj5d5cGCKH9fB2AsQ/s320/calendar4-1.jpg" width="320" /></a></td></tr>
<tr><td class="tr-caption" style="text-align: center;">「シャペロニン」三つ</td></tr>
</tbody></table>
左にかけたのは、以前いただいた<a href="http://taguchi-hideki.blogspot.jp/2017/07/blog-post.html" target="_blank">シャペロニンフットボールの模型ストラップ</a>だ。<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjJBZg0oTXgJcZIPqyOobt6AkXdwUGl98osfkTKxvgFLXUFMXKtZai7b4K_aHqPf4j7etyNXOfKhe9fUxwGyNBAFLMAf17qyzIie7TTP7b_WR-UX6HNyYyz6mGUnLzG0DGRfTqt_ats3Cw/s1600/calendar4-2.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="1200" data-original-width="1200" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjJBZg0oTXgJcZIPqyOobt6AkXdwUGl98osfkTKxvgFLXUFMXKtZai7b4K_aHqPf4j7etyNXOfKhe9fUxwGyNBAFLMAf17qyzIie7TTP7b_WR-UX6HNyYyz6mGUnLzG0DGRfTqt_ats3Cw/s320/calendar4-2.jpg" width="320" /></a></div>
<br />
ということで、ラボに3年もいると私に影響されて?、みんないろんなモノがタンパク質に見えてくるのかもしれない。<br />
<br />
いずれにしても、卒業する修士2年の皆さん、ありがとうございました。美しいコレクションがまた一つ増えました。<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgn78JUGdxCHSxwkD2jLhSXJBWIzgmQASsICStxcuQQkTIKi3B2MxCb2uJnsykwjrwiOE4YNesC1aFNjkNHg6F2FrKDxylwwIlAoBL9o6ygCWJjX_K-Gx3qC0RKhs2fa8ggDCXyx7UHymk/s1600/calendar5.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="1200" data-original-width="1200" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgn78JUGdxCHSxwkD2jLhSXJBWIzgmQASsICStxcuQQkTIKi3B2MxCb2uJnsykwjrwiOE4YNesC1aFNjkNHg6F2FrKDxylwwIlAoBL9o6ygCWJjX_K-Gx3qC0RKhs2fa8ggDCXyx7UHymk/s320/calendar5.jpg" width="320" /></a></div>
<br />田口 英樹(東工大・研究院/生命理工)http://www.blogger.com/profile/04178909505454562195noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5591719214119573590.post-10098841708345773232018-03-02T01:20:00.001+09:002021-05-05T23:31:12.668+09:00ついにリボソーム模型が完成!朝、研究室に行くと私の机に置き手紙と3Dプリンターでの模型が置かれてあった。<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEi0WLLtgeVsHW8TteWz2iD34CwwOHGWbzXhxY-E0iNUKD6UKiAybg4wfHNzsh6bObZQdkvCt2LYbxjMovVrO1LNPCuLg6posGAzJIvzYjtssds853n1NoOs-aqw0ECq5JZKe2B4HkqZorY/s1600/ribosome1.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="1200" data-original-width="1200" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEi0WLLtgeVsHW8TteWz2iD34CwwOHGWbzXhxY-E0iNUKD6UKiAybg4wfHNzsh6bObZQdkvCt2LYbxjMovVrO1LNPCuLg6posGAzJIvzYjtssds853n1NoOs-aqw0ECq5JZKe2B4HkqZorY/s320/ribosome1.jpg" width="320" /></a></div>
<br />
このような依頼があったからには、ブログの更新をサボっているわけにはいかない。<br />
<br />
(ハートマークがあるが)送り主は卒研生のI君で、この模型はタンパク質の合成装置であるリボソームだ。リボソームは細胞内のタンパク質の合成を一手に引き受けるタンパク質とRNAからなる巨大な複合体である。数十種類のタンパク質と3種類のリボソーム用RNA(リボソーマルRNA)からなる。この造形物は10センチ四方くらいだが、細胞内のリボソームの大きさは〜20nmくらいだ。<br />
<br />
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgH28jKQnQr1O44Bp1Fw1ruLQ5BIBL64Fm2AOU4mWY3UrhJ-IMKsmvhtatEdR_VCtnGh6tqT7o83yeezSrDcBjM_QLco_3rtNo0lRvpz18gALdxiP8ht7PEwpuTue9UZExWj1VtZm_K4G8/s1600/sce_Nagaraj_cost_lv3.jpg" imageanchor="1" style="clear: right; float: right; margin-bottom: 1em; margin-left: 1em;"><img border="0" data-original-height="900" data-original-width="900" height="200" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgH28jKQnQr1O44Bp1Fw1ruLQ5BIBL64Fm2AOU4mWY3UrhJ-IMKsmvhtatEdR_VCtnGh6tqT7o83yeezSrDcBjM_QLco_3rtNo0lRvpz18gALdxiP8ht7PEwpuTue9UZExWj1VtZm_K4G8/s200/sce_Nagaraj_cost_lv3.jpg" width="200" /></a> 総分子量はバクテリアのリボソームで〜250万、真核生物のだと〜450万ということで細胞内で最も大きな成分の一つである(このブログでよく紹介しているシャペロニンGroELも比較的大きなタンパク質複合体だが、分子量は80万ほどである)。巨大なだけでなく、細胞内で最も豊富に存在する成分でもある。右に示したのは<a href="https://www.proteomaps.net/" target="_blank">Proteomaps</a>というサイトからの図で出芽酵母の細胞内タンパク質の割合が面積比で示されている。何千というタンパク質がある中でリボソームがいかに豊富に存在するのか一目瞭然だ。<br />
<br />
模型に戻り、少し拡大した写真を載せてみよう。<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEg8_2kshX_QGgimSu6b7v4L1Esxcx4JdhLVgekgs7Ql1Y8jH1q7WfuZ5dLncCBvoWyMidq8ApYu4KmCDEHA0dLfw7WRDX8k39UcF8zC3kRVyUayJATIiRLN3LcmZsYc1Uxatl2LdD-w5rk/s1600/ribosome2.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="1200" data-original-width="1200" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEg8_2kshX_QGgimSu6b7v4L1Esxcx4JdhLVgekgs7Ql1Y8jH1q7WfuZ5dLncCBvoWyMidq8ApYu4KmCDEHA0dLfw7WRDX8k39UcF8zC3kRVyUayJATIiRLN3LcmZsYc1Uxatl2LdD-w5rk/s320/ribosome2.jpg" width="320" /></a></div>
<br />
この写真を見てもほとんどの人には何が何だかわからないだろう。<br />
少し解説した図を載せてみる。<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEizjilYUy86U9htaCC1Bu4jtQXeZTNap7WigZPkEFWTqzsH1Cwa1lpOw4zIerBAeEummPLsASk1e8BP6IYwhsoiBobryJlfQj-Jw0moTC4BpTlpE20388NqjvHMGBAXIyeutpg75sfptJ0/s1600/ribosome_key_001.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="735" data-original-width="735" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEizjilYUy86U9htaCC1Bu4jtQXeZTNap7WigZPkEFWTqzsH1Cwa1lpOw4zIerBAeEummPLsASk1e8BP6IYwhsoiBobryJlfQj-Jw0moTC4BpTlpE20388NqjvHMGBAXIyeutpg75sfptJ0/s320/ribosome_key_001.jpg" width="320" /> </a></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: left;">
次の図は、私が代表を務める「<a href="http://www.pharm.tohoku.ac.jp/nascentbiology/" target="_blank">新生鎖の生物学</a>」のトップページから抜粋したイラストで、模型とだいたい同じ向きになっている。 </div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
</div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
</div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjcf-vV-CRXJZ7JwRdSkWTR3zhYXAL_j-Hfa-G1HxP8BbStwFhhPtTAxVJeJ-Sipygxho2azNMDEllIVfNE5yI08MuIxq4Dg_r4Wko2DDAtwMajr4JCXvlqW2ps7AnVO4LSgNA2ZWfvrak/s1600/nascent.jpg" imageanchor="1"><img border="0" data-original-height="220" data-original-width="549" height="128" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjcf-vV-CRXJZ7JwRdSkWTR3zhYXAL_j-Hfa-G1HxP8BbStwFhhPtTAxVJeJ-Sipygxho2azNMDEllIVfNE5yI08MuIxq4Dg_r4Wko2DDAtwMajr4JCXvlqW2ps7AnVO4LSgNA2ZWfvrak/s320/nascent.jpg" width="320" /></a></div>
上側のおにぎりみたいな形の塊が大きい方の60S側となる。60Sと40Sの間にmRNAが挟まる。アミノ酸が結合したtRNAが入ってくるサイトは比較的大きな穴が空いているのがわかる(もう少し詳しく知りたい人はPDBが連載している<a href="https://pdbj.org/mom/10" target="_blank">「今月の分子(第10回):リボソーム」</a>がいいかもしれない)。<br />
<br />
この60Sの大サブユニットには合成されてきた新生ポリペプチド鎖(新生鎖)が通るトンネルが内部にある。この模型ではトンネル内部は埋もれていて見えないが向きを変えるとトンネルの出口に相当する穴が下の写真のようにはっきりわかる。(60S大サブユニットが上に乗っかってる向き)<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgqWl_yaGPvMGB44WJKE97xmNAY-fBCRRroUazVjIc74BS9l2wLqU0FOmL-SXIi2C7gwnyX56570NTxh-9p1I1oscsI8pH4_rLDGQ9NOKPnRKEWQQi1tMGRclITSuO7yFmramFjqnrvryk/s1600/ribosome_tunnel.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="1200" data-original-width="1200" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgqWl_yaGPvMGB44WJKE97xmNAY-fBCRRroUazVjIc74BS9l2wLqU0FOmL-SXIi2C7gwnyX56570NTxh-9p1I1oscsI8pH4_rLDGQ9NOKPnRKEWQQi1tMGRclITSuO7yFmramFjqnrvryk/s320/ribosome_tunnel.jpg" width="320" /></a></div>
<br />
さて、これまでこのブログのネタの多くはシャペロン(特に7量体のGroEL)やフォールディングを模したパズルだったが、最近研究室ではリボソーム関連の研究が盛んである。シャペロンはリボソームから出てきたばかりの新生鎖のフォールディングを助けるのが機能の基本なので自然な流れでリボソームでのタンパク質合成(翻訳)の研究に流れ着いた。<br />
最近では、新生鎖が伸びる途中で一時停止する現象の普遍性(<a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26831095" target="_blank">Chadani et al., PNAS 2016</a>, <a href="https://www.titech.ac.jp/news/2016/033388.html" target="_blank">日本語解説</a>)や、新生鎖によっては自らの翻訳を途中で終わらせるはたらきがあること(<a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29100053" target="_blank">Chadani et al., Mol Cell 2017</a>, <a href="http://first.lifesciencedb.jp/archives/17459" target="_blank">日本語解説</a>)を見つけたところだ。<br />
<br />
というわけで、リボソームの模型は3Dプリンターが導入された直後から作りたく、担当の学生に造型をお願いしていたのだがこれまではできていなかった。理由としては、リボソームの立体構造がデータ量があまりに大きく、プリンター用のフォーマットに変換できない、ということだった(と思う)。今回、卒研生のI君は果敢にもリボソームの打ち出しに挑戦し、トラブルも多々あったが、このように成し遂げてくれた(しかも、卒研発表の前々日に・・・) 。嬉しいことである。<br />
<br />
ところで、60Sと40Sが合わさったリボソームがなぜ80Sなのか不可解、というか、生命科学者は足し算もできないのか、と思う方もいるかもしれない。(ちなみに80Sは真核生物のリボソームであるがバクテリアでは50Sの大サブユニットと30Sの小サブユニットが合わさって70Sと、やはり計算が合わない)<br />
この60Sや40Sの "S"は超遠心分析の際に用いられる沈降係数のS値(スベドベリの"S")である。遠心分離の際に速く沈降するほどS値が大きい。このS値は分子量だけでなく分子の形状(球状か棒状かなど)にも依存するので、60Sと40Sの複合体が80Sというようなことが起こるのである。<br />
<br />
ということで、この先もさまざまなタイプのリボソームが3Dプリンターで打ち出されることだろう。楽しみである。田口 英樹(東工大・研究院/生命理工)http://www.blogger.com/profile/04178909505454562195noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5591719214119573590.post-11345384083920965042017-10-15T21:39:00.003+09:002021-05-05T23:29:23.522+09:00フットボール型?の知恵の輪 本ブログでは、私が見立てたタンパク質もどきのモノを紹介してきている。<br />
特に、パズルやおもちゃが多いが、今回は私が長年研究しているシャペロニンGroELもどきの知恵の輪である。<br />
(シャペロニンとはタンパク質のフォールディングを助けるタンパク質の一種だ。)<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjGw6wTzSrDr8Y7O-lfGM8LyO3PPZB9zmBStLi4h34QrtnGkexxQf17URXmlioEQWyevFyQVJmwyhjcW9L3sDVMfZrZPSjWTQxHtYl_Jg6_AcrE2xrZttnVD4P2CY1BtTQv8cbq9EAod2Q/s1600/huzzle.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="900" data-original-width="900" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjGw6wTzSrDr8Y7O-lfGM8LyO3PPZB9zmBStLi4h34QrtnGkexxQf17URXmlioEQWyevFyQVJmwyhjcW9L3sDVMfZrZPSjWTQxHtYl_Jg6_AcrE2xrZttnVD4P2CY1BtTQv8cbq9EAod2Q/s320/huzzle.jpg" width="320" /></a></div>
一種のシリンダーとなっていて、外側の2つのリング内に3つのパーツがぴったりと埋め込まれている。これをバラすので知恵の輪というわけだ(中身をはずすので「はずる」?)。<br />
国産でもあり普通に入手できるパズルだが、デザインはフィンランドのパズル作家らしい。北欧らしくシンプルだが美しいフォルムである。<br />
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEghF_8dA7El9N5ozkkyUfic5isnzKOUb31r8D2WJe-BlBHWeDbx_Pxo4C0WfuDfdyUI5SUwIdlQ9OIbvrPzFO8rYXR8N4cH-VMyRmEFo29dcYFqBBi_TD6AIGGcWhGc-s6mhyCzbb5CsME/s1600/football1_2.jpg" imageanchor="1" style="clear: left; float: left; margin-bottom: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="900" data-original-width="900" height="200" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEghF_8dA7El9N5ozkkyUfic5isnzKOUb31r8D2WJe-BlBHWeDbx_Pxo4C0WfuDfdyUI5SUwIdlQ9OIbvrPzFO8rYXR8N4cH-VMyRmEFo29dcYFqBBi_TD6AIGGcWhGc-s6mhyCzbb5CsME/s200/football1_2.jpg" width="200" /></a><br />
<br />
取り出すと、扁平な形で上下に少し出っ張りが見える。見本で置かれているのを見て、シャペロニンGroELとGroESからなる「フットボール」複合体に見えたわけだが、普通の人にはフットボールっぽく見えないかもしれない。<br />
<br />
これをグイッと上下に引っ張てみよう。<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
</div>
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjzM_4-HlKWWv64kJj6UNJQpTvyICI9fh7e8PZBXkfvHhqQmgRR-VUJXd48lpoZYK4UfkSzFJbbqdlCLEzGkpQ3ZLRVrsTlBh49be3KK206k_RfXWNdUoH4QrPXoun5zo1E98jm1pvO158/s1600/extended.jpg" imageanchor="1" style="clear: right; float: right; margin-bottom: 1em; margin-left: 1em;"><img border="0" data-original-height="900" data-original-width="900" height="200" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjzM_4-HlKWWv64kJj6UNJQpTvyICI9fh7e8PZBXkfvHhqQmgRR-VUJXd48lpoZYK4UfkSzFJbbqdlCLEzGkpQ3ZLRVrsTlBh49be3KK206k_RfXWNdUoH4QrPXoun5zo1E98jm1pvO158/s200/extended.jpg" width="200" /></a></div>
と言っても、ダイキャスト製で硬いので画像処理で上下に延ばしてみた。<br />
右の写真のように、ダブルリング構造となる。リング内のパーツが上下に少し丸まって突出しているので、見事に(?)フットボール型になる。<br />
<br />
ちょっとしたモノがシャペロニンに見えてしまうのだ。<br />
<br />
<br />
<br />
下に示したのが、フットボールGroELーGroES複合体の模式図と結晶構造だ。<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiCwGlITk0_DhVs0A-_RcS2e3puYVIZgOL1QhAQfCvlGK8QCQS0NrwtBUbTIJxIM5XxWNKyZ6jznVHoUoCvgSWNeXxFkps-ao4iQ-Z-wlaKnxuSstaaSqiyqt4Sne0K-1fGMNQ0Et4cQ3g/s1600/football_structure.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="328" data-original-width="573" height="228" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiCwGlITk0_DhVs0A-_RcS2e3puYVIZgOL1QhAQfCvlGK8QCQS0NrwtBUbTIJxIM5XxWNKyZ6jznVHoUoCvgSWNeXxFkps-ao4iQ-Z-wlaKnxuSstaaSqiyqt4Sne0K-1fGMNQ0Et4cQ3g/s400/football_structure.jpg" width="400" /></a></div>
<br />
実際のシャペロニンは、まだカタチができていないタンパク質(変性タンパク質)をGroELとGroESから形成される「空洞」に閉じ込めて、カタチ作り(フォールディング)をアシストする(上図の緑色の左側が変性タンパク質。丸くなっているのはフォールディング終わってカタチができたあと。シャペロニンは空洞内でフォールディングが最後まで進行することがわかっている)。<br />
シャペロニンでは空洞が大事というわけだが、このパズルは内部までぎっしりと詰まっている点ではシャペロニンらしくない。<br />
<br />
さて、パズルを解いてみる。解答はパッケージに入ってないが、ガチャガチャやっていると少しずつバラけてくる。<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhM7Fgo7U3ftuzlJrjJdFLwV_7PG17vU3hldXhoopBwLc3_TfHyCbPUaeptAsNEp8sufAWJfpxnC3OFuVhX5gLtkxgdtodjRlatPVHtSX16GY_0QqqFKkdWKuVmooX84xC_7fluNJ3QlNw/s1600/intermediate1.jpg" imageanchor="1" style="clear: right; float: right; margin-bottom: 1em; margin-left: 1em;"><img border="0" data-original-height="600" data-original-width="600" height="200" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhM7Fgo7U3ftuzlJrjJdFLwV_7PG17vU3hldXhoopBwLc3_TfHyCbPUaeptAsNEp8sufAWJfpxnC3OFuVhX5gLtkxgdtodjRlatPVHtSX16GY_0QqqFKkdWKuVmooX84xC_7fluNJ3QlNw/s200/intermediate1.jpg" width="200" /></a></div>
<br />
バラしていく途中。<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEg9WxLnK-9T38dBJWnehco8rY3cpavrn-8KpPY2LB-peHQVT91a8w0LvLgfKwwdVX7DBwKrABDw3-0dLalCCbZcN9DMu36k-mO-oJ1gyKKs_T0PvVkITVKG2aeeW-F1gA4pZ-HFU15vD8s/s1600/2017-09-08+11.48.53.jpg" imageanchor="1" style="clear: left; float: left; margin-bottom: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="1600" data-original-width="1600" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEg9WxLnK-9T38dBJWnehco8rY3cpavrn-8KpPY2LB-peHQVT91a8w0LvLgfKwwdVX7DBwKrABDw3-0dLalCCbZcN9DMu36k-mO-oJ1gyKKs_T0PvVkITVKG2aeeW-F1gA4pZ-HFU15vD8s/s320/2017-09-08+11.48.53.jpg" width="320" /></a></div>
<br />
最後、ばらけた状態。<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<br /></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
もう一度組み立てて、上から撮った写真。</div>
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<br /></div>
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<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgdK71rTfwD60Fob01kbavVUU3rSHSZ_KxBvImXEoBrJvrjxh7LVi1Nc0g_WfKopbXA0qT6MfoDhtq_9Hac2PFJSbBIW6_wWBzcg2hUDLVr5vG7FQEgkFr_BO9fF4kNO-cr8UueSZKEtqc/s1600/huzzle1_1.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="900" data-original-width="900" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgdK71rTfwD60Fob01kbavVUU3rSHSZ_KxBvImXEoBrJvrjxh7LVi1Nc0g_WfKopbXA0qT6MfoDhtq_9Hac2PFJSbBIW6_wWBzcg2hUDLVr5vG7FQEgkFr_BO9fF4kNO-cr8UueSZKEtqc/s320/huzzle1_1.jpg" width="320" /></a></div>
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<br /></div>
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「シャペロニン」として話しを進めているが、三回対称のタンパク質複合体が外側のリングで取り囲まれているとも見える。これって、膜タンパク質を可溶性として扱う際に最近よく聞く<a href="http://www.sigmaaldrich.com/japan/lifescience/metabolomics/enzymeexplorer/nanodisc.html" target="_blank">ナノディスク</a>っぽいかもしれない。ナノディスクでは、膜タンパク質周囲の脂質をリング部分のタンパク質がつなぎ止めるのである。</div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: left;">
<br /></div>
<br />田口 英樹(東工大・研究院/生命理工)http://www.blogger.com/profile/04178909505454562195noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5591719214119573590.post-86870262550361562622017-07-15T22:42:00.000+09:002021-05-05T23:31:28.080+09:00新しいタイプのGFP模型昨年度より東京工業大学では学部1年生全員(1~7類)が生命科学を必修として履修することとなった。その流れで、教科書で生命科学を教える以外でも全学生に生命科学研究の最先端、面白さを伝えよう、ということでGFP(緑色蛍光タンパク質)を主役として、蛍光が出るしくみの化学から細胞生物学まで全類の学生に教える講義も準備され、私も担当している。<br />
<br />
その教材として、GFPの立体構造模型を昨年度初めに特注で作ってもらった(<a href="http://studio-midas.com/" target="_blank">スタジオミダス</a>制作)(注1)。<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEikvZGLW8-QCYLGONpcNBXXT2KlalDtamZX7cPiFe1fQFuFu5nBSrXDyBmWhrFonArQK0Zy2X1usAQquL41ToWBHUidHl70Ah_7UCszDraysRgE2AlPtAC2VGgscfP5IRq0tpX7ShRMX2U/s1600/1fgl_01.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEikvZGLW8-QCYLGONpcNBXXT2KlalDtamZX7cPiFe1fQFuFu5nBSrXDyBmWhrFonArQK0Zy2X1usAQquL41ToWBHUidHl70Ah_7UCszDraysRgE2AlPtAC2VGgscfP5IRq0tpX7ShRMX2U/s320/1fgl_01.JPG" width="240" /></a></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<br /></div>
なかなかカッコイイでしょう。<br />
<br />
このようなリボンモデルの3Dプリンター模型は自分自身は初めてで美しい。<br />
GFPはβシートが樽状にぐるっと巻いているためにβバレル(樽)と呼ばれることがあるが、それがはっきりとわかる。<br />
<br />
βシートのことを知っている人だとこの白い矢印(βストランド)部分だけではシート状にならず形を保てないのではと思うかもしれない。その通りで実際には白いストランド間を細い棒で一部補強してある(下の写真の赤矢印)(注2)。実際のタンパク質ではこの棒が水素結合として全体をシート状にして立体構造を安定化している。GFPはβシートがとてもきれいに並んで「缶」のようになっているためにとても安定で60℃くらいに熱しても変性しない(色が消えない)し、冷蔵庫で何年も光ったままだ。<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhYmyfvt-FGgYG1Vt_H4lroXlWHty1oJ37JXlI-R9IbkevkkFnMdkgmLxsos6gHYDGqTG6vRXgKLkj4hKTpYsucTHAw-6gAbA3SaM0lfM7zoJzQ24VR_7PR0-QXk81bScPN7ICOvJJ0cmA/s1600/1fgl_03+2.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="1024" data-original-width="768" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhYmyfvt-FGgYG1Vt_H4lroXlWHty1oJ37JXlI-R9IbkevkkFnMdkgmLxsos6gHYDGqTG6vRXgKLkj4hKTpYsucTHAw-6gAbA3SaM0lfM7zoJzQ24VR_7PR0-QXk81bScPN7ICOvJJ0cmA/s320/1fgl_03+2.jpg" width="240" /></a></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<br /></div>
<br />
同じGFPをラボにある廉価版の3Dプリンターで打ち出すと以下のようになる。<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgM-7Tt_kAl4L7GrG6NDDmS5GAsNqbccWbRX97nZbk0hUq4SmWPAqsL7hI8TFmdVov1NyFYufkl0kw_sgGbxI9EJtGLtKi8p26oU-2u6xbEOkMzri0H9Oes5hhpVfhLwfTFCTQog3vi-C8/s1600/GFP_spacefilling.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="900" data-original-width="900" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgM-7Tt_kAl4L7GrG6NDDmS5GAsNqbccWbRX97nZbk0hUq4SmWPAqsL7hI8TFmdVov1NyFYufkl0kw_sgGbxI9EJtGLtKi8p26oU-2u6xbEOkMzri0H9Oes5hhpVfhLwfTFCTQog3vi-C8/s320/GFP_spacefilling.jpg" width="320" /></a></div>
<br />
何かよくわからない「塊(かたまり)」である。<br />
空間充填モデルで打ち出すとこうなるのだ(注3)。<br />
<br />
元の美しいGFP模型に戻ろう。<br />
<br />
リボンの中に見える緑の部分はGFPの蛍光団である。ここだけ空間充填モデルになっているが、ここも元はアミノ酸である。特定のアミノ酸配列(GFP野生型ではSer-Tyr-Glyの3アミノ酸)がGFPの立体構造の枠組みの中に配置されると化学反応(脱水反応と酸化反応)が自発的に起こって特別な蛍光団が形成される。タンパク質というのは本当に何でもやってしまう一例である。<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEj0RWbE_1bfLWHXAp7PIR6iQ9NtPe0kzzdWle5M09jmSvbVqjt8kcKgIF_K2Kk3TGkKPC2voaPPetqHXDMssSqyRSElfG_Zng5-H0mcDbKhdidjRACtM-G08HEgwyMCZhMAn-SimMq2f2s/s1600/IMGP3395.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEj0RWbE_1bfLWHXAp7PIR6iQ9NtPe0kzzdWle5M09jmSvbVqjt8kcKgIF_K2Kk3TGkKPC2voaPPetqHXDMssSqyRSElfG_Zng5-H0mcDbKhdidjRACtM-G08HEgwyMCZhMAn-SimMq2f2s/s320/IMGP3395.JPG" width="240" /></a></div>
<br />
スタジオミダスさんは凝っていて、この蛍光団に蛍光塗料を塗ってくれ、さらにはこの模型を置く台座にライトを付けてくれた。光らせたのが以下である。<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEisgyb2i8gUywPiSRbB1lCUYcaH0edimFfRxlZmteOeQ-oYEClP_eRWdu3TMl5PzZ77LdxsrpwLevW1MuYxDeiZCBnEwnxdXQNTcu_NIHuwM_JvWYqaZsSvk2ofB-NgOnQEuDCcELfMQEY/s1600/IMGP3406.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEisgyb2i8gUywPiSRbB1lCUYcaH0edimFfRxlZmteOeQ-oYEClP_eRWdu3TMl5PzZ77LdxsrpwLevW1MuYxDeiZCBnEwnxdXQNTcu_NIHuwM_JvWYqaZsSvk2ofB-NgOnQEuDCcELfMQEY/s320/IMGP3406.JPG" width="240" /></a></div>
<br />
さて、先ほどラボで打ち出した塊は何だかよくわからない、と書いたが、実際には塊の方が正しい状態と言えて、内部の緑に光る蛍光団はタンパク質の奥に埋もれている(水のない環境に蛍光団が置かれているのが光る理由の一つでもある)。<br />
<br />
<br />
ーーーーーー<br />
注1)<br />
今回のGFP模型の写真はスタジオミダスさん撮影(GFPの塊の以外)。なお、このエントリーは下書きまでしていたが、すっかり放置していた・・・。<br />
<br />
注2)<br />
この1年間でそれなりにあちこちで展示して触っている間に、この補強の棒が折れてしまい、形が崩れやすくなってしまった(現在修理中)。<br />
<br />
注3)<br />
このプリンターで学生にGFPのリボンモデルを一度打ち出してもらったが、うまく造型できなかった。<br />
ちなみに同じ空間充填モデルでもシャペロニンGroELーGroES複合体は以下のようになる。GroELは巨大タンパク質複合体で空洞があるからサマになるのだ。スケールは全然違っていて、GroEL(やGroES)の縮尺でGFPを打ち出すとGroESよりも小さくなるくらいだ。GroELの空洞内にGFPが2個分ハマることを実験的に証明したことがある(<a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10409682" target="_blank">Sakikara et al., JBC 1999</a>)。<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<br /></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEj5kd4AhgNscUWOclH7BY6gwIBXVV2d0bJuh1L2w_ABqzflgjCOo32YFWI4t1XUvvfWfpFFwQ59rLaQw3cY1-mLLjMHFsJDCbyUH3zxQ1v8WIyewYih03gW_y8Iozok9SIO1v1E7qW1Zb4/s1600/gfp_groe_cavity.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="1200" data-original-width="1200" height="400" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEj5kd4AhgNscUWOclH7BY6gwIBXVV2d0bJuh1L2w_ABqzflgjCOo32YFWI4t1XUvvfWfpFFwQ59rLaQw3cY1-mLLjMHFsJDCbyUH3zxQ1v8WIyewYih03gW_y8Iozok9SIO1v1E7qW1Zb4/s400/gfp_groe_cavity.jpg" width="400" /></a></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<br /></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhnpmzyf9Z-0e-WGxkUqAyY7ZReS2sQ90oSrxK6n4Mtp4HOVeWj27jvPZ66ZN6e_FwNLcIhoDAGwIkgSe9yny-PszcCnyC5UTNdw_niSEJy7fCvOFWWarqZkhrTfl6TJuodsLL3vx3rhIA/s1600/sakikawaJBC1999_2.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="699" data-original-width="507" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhnpmzyf9Z-0e-WGxkUqAyY7ZReS2sQ90oSrxK6n4Mtp4HOVeWj27jvPZ66ZN6e_FwNLcIhoDAGwIkgSe9yny-PszcCnyC5UTNdw_niSEJy7fCvOFWWarqZkhrTfl6TJuodsLL3vx3rhIA/s320/sakikawaJBC1999_2.jpg" width="232" /></a></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
</div>
<div style="clear: both; text-align: center;">
<span style="font-size: xx-small; font-weight: normal;">Sakikawa C. <i>et al., J. Biol. Chem.</i> 1999より</span></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<br /></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
</div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
</div>
<br />田口 英樹(東工大・研究院/生命理工)http://www.blogger.com/profile/04178909505454562195noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5591719214119573590.post-57830027943195533522017-07-12T23:07:00.000+09:002017-07-14T10:50:18.178+09:00シャペロニン「フットボール」のストラップ 共同研究者の小池あゆみさん(神奈川工科大)からたいへんうれしいギフトをもらった。大腸菌のシャペロニンGroELとGroESのフットボール型複合体構造のストラップだ。<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjYyJkuD9J1NdYgVu9zHUojgmTTj202Imricb30If14mvawzi8fy4oejl9AVVbGqbMB80NQJ2D66UGhMsXpPgoIhxZa3hcDFSBoKxEMgsl2djAw_QZtL6axonsEOaO4AZ7qISKiOmRMl_o/s1600/football1.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="1200" data-original-width="1200" height="400" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjYyJkuD9J1NdYgVu9zHUojgmTTj202Imricb30If14mvawzi8fy4oejl9AVVbGqbMB80NQJ2D66UGhMsXpPgoIhxZa3hcDFSBoKxEMgsl2djAw_QZtL6axonsEOaO4AZ7qISKiOmRMl_o/s400/football1.jpg" width="400" /></a></div>
<br />
私たち自身が島村達郎さん(京大)たちと共同研究で決定した結晶構造(<a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25174333" target="_blank">Koike-Takeshita, A. et al., <i>J. Mol. Biol.</i> 2014</a>, PDB ID: <a href="http://www.rcsb.org/pdb/explore.do?structureId=3WVL" target="_blank">3WVL</a>)を元にしたモノである。<br />
<br />
野生型のGroELとGroESだとフットボール型はGroELのATPaseサイクルで過渡的にしか形成しないので「フットボール」構造を固定することはできず、結晶作成は通常は無理である(注1)。このフットボール構造はGroELのATPase活性を極端に遅くした変異体ができたから実現した構造である(<a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25202010" target="_blank">Koike-Takeshita, A. et al., <i>J. Biol. Chem.</i> 2014</a>)。GroELの52番目と398番目の2つのアスパラギン酸をアラニンにした変異体(GroEL-D52A/D398A)では一週間以上GroELとGroESがフットボールのままとなる(タンパク質のフォールディングを助ける能力は同等)。<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhRPT2gOMgOCWo20KA0hVgcodVNdedlvv4_3RO0ZcOmwJFGeDm08VjtXWfVHLdkcjn7zh_AISUrjNIkpvL2PAg66YjyOMgr2VIvdcSr4vvN7EqD0ymhAQ72heXKFlvjpYQYMmzRpMl25IM/s1600/football3.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="494" data-original-width="700" height="225" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhRPT2gOMgOCWo20KA0hVgcodVNdedlvv4_3RO0ZcOmwJFGeDm08VjtXWfVHLdkcjn7zh_AISUrjNIkpvL2PAg66YjyOMgr2VIvdcSr4vvN7EqD0ymhAQ72heXKFlvjpYQYMmzRpMl25IM/s320/football3.jpg" width="320" /></a></div>
<br />
フルカラーの3D模型である。石膏製であり、廉価版の3Dプリンターでは作成できない。実際の作成は<a href="http://studio-midas.com/" target="_blank">スタジオミダス</a>さんに特注したものである。スタジオミダス製作の模型はこれまでにも本ブログで紹介してきた(→「<a href="http://taguchi-hideki.blogspot.jp/2013/07/blog-post.html" target="_blank">シャペロニンの模型が手元に!</a>」)。スタジオミダスさんでは山形大の川上勝さん考案のタンパク質のシリコーンモデル(Kawakami Model)を作っている以外にも、今回紹介した石膏モデルでのタンパク質模型も作成してオンラインショップで売っていたりもする(→<a href="http://studio-midas.net/items/51b892aaa95dcbe8c400022f" target="_blank">SilMol-mini </a>スタジオミダス)。<br />
<br />
いずれにしても、小池さん、どうもありがとうございました。<br />
<br />
ーーーーーー<br />
追記:<br />
実は、フットボール以外でもタンパク質模型を持っていた。昨年の分子生物学会である企業がノベルティグッズとして配付していたのだ。<br />
リボヌクレアーゼAとその阻害タンパク質の複合体である。<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhDNhKYaEQAO1EugckZcx556KCLquMFFXzmP1Q2TlRxIIBYKnwHJfH_ap7zu-JvzDr9pK_2gl-6OvjDDQ_as3VUBzDVsO1h4ymF4EhBOxRIZFXOcPhoj1FNrH2hGNf2G-dfXCuN9qSXBU8/s1600/football_RNase2.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="632" data-original-width="1200" height="210" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhDNhKYaEQAO1EugckZcx556KCLquMFFXzmP1Q2TlRxIIBYKnwHJfH_ap7zu-JvzDr9pK_2gl-6OvjDDQ_as3VUBzDVsO1h4ymF4EhBOxRIZFXOcPhoj1FNrH2hGNf2G-dfXCuN9qSXBU8/s400/football_RNase2.jpg" width="400" /></a></div>
<br />
スタジオミダスさん制作で市販されている<a href="http://studio-midas.net/items/51b892aaa95dcbe8c400022f" target="_blank">セット</a>に組み込まれているタンパク質だ。ストラップではほぼ同じサイズだが、実際のタンパク質としては、RNaseA-Inhibitor複合体は分子量6~7万程度、GroELーGroES複合体は分子量100万ほどだから15倍ほど違うことになる。<br />
<br />
ーーーーーー<br />
(注1)<br />
実は同時期にシャペロニンフットボールの立体構造が他からも報告されていて、そこでは野生型GroELを使っている(フットボール複合体と因縁のあるLorimerのグループから。<a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25136110" target="_blank">Fei X, et al, PNAS 2014</a>)(さらに2015年には別のグループから<a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25918392" target="_blank">Hsp60</a>でも)。<br />
<br />
野生型GroELでどうやって??と思うかもしれない。<br />
<br />
リン酸の類似体であるフッ化ベリリウム(BeFx)を使うとGroELのATPaseサイクルが途中でストップしてフットボール複合体ができるという私たち自身が以前報告した性質(<a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15347650" target="_blank">Taguchi et al, JBC 2004</a>)を利用している。<br />
<br />
<br />田口 英樹(東工大・研究院/生命理工)http://www.blogger.com/profile/04178909505454562195noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5591719214119573590.post-50533032131563116412017-03-20T17:47:00.004+09:002017-07-13T10:07:44.241+09:00シャペロニンGroELもどきのサボテン 3月ということで卒業生が巣立つ時期である。<br />
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEimhV5zjC7f8fCm022oQDSFw-7TDlaWCzUIuTDamaUZgyD7ygT_G_-B2lFvhHNQmc62b9DAox5HL9ZCYNGvInNiHrtkz1895pl5H1gVwsfIq4o7m0-_FRWuSSgIwjbgv2aVL6UbJfYNlhU/s1600/heptamer_saboten2.jpg" imageanchor="1" style="clear: right; float: right; margin-bottom: 1em; margin-left: 1em;"><img border="0" height="200" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEimhV5zjC7f8fCm022oQDSFw-7TDlaWCzUIuTDamaUZgyD7ygT_G_-B2lFvhHNQmc62b9DAox5HL9ZCYNGvInNiHrtkz1895pl5H1gVwsfIq4o7m0-_FRWuSSgIwjbgv2aVL6UbJfYNlhU/s200/heptamer_saboten2.jpg" width="200" /></a> 先日の追いコンにて卒業する学生たちが記念品をくれたのだが、その一つが本ブログのコンセプトにぴったりのモノであった。<br />
<br />
サボテンである。<br />
<br />
<br />
右にあるように雑貨屋で売っていそうなビーカーに入ったおしゃれなサボテン。<br />
<br />
上から良く見てみよう。<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEitGtTW4w7WIjSX0kiK_vjGErGbhZQy3siezXR7Tbq9CT_XuZanrX0iXftE94OWqHQtMEuZERgBsTjA_D6gEY_yJDamWmwgAOBitOCCopZOdHMcqKwL_O9VWh_N02vPtjQZNHuNHxenpW0/s1600/heptamer_saboten1.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="400" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEitGtTW4w7WIjSX0kiK_vjGErGbhZQy3siezXR7Tbq9CT_XuZanrX0iXftE94OWqHQtMEuZERgBsTjA_D6gEY_yJDamWmwgAOBitOCCopZOdHMcqKwL_O9VWh_N02vPtjQZNHuNHxenpW0/s400/heptamer_saboten1.jpg" width="400" /></a></div>
<br />
はい、とげを数えてみよう。1,2,3,・・・7。<br />
<br />
ということで、本ブログにたびたび登場するシャペロニンGroELの7量体にちなむサボテンである。もらった瞬間、頬が緩んだのは言うまでもない。<br />
<br />
学生からのメモも載せておこう。<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEh_26txtst8rdSE7vKOrnpAvPMlc49VMzDaZe5JKH-50Tgqf8PIXvnQL7URwdphtAgZRrXjQu8IFxszoj4gNvKrVNfEI8HzxNcQXSvIWdJYu8s-mMoZc6RYaO2N2tvhdDuf0fBz30DJSrw/s1600/heptamer_letter.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="232" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEh_26txtst8rdSE7vKOrnpAvPMlc49VMzDaZe5JKH-50Tgqf8PIXvnQL7URwdphtAgZRrXjQu8IFxszoj4gNvKrVNfEI8HzxNcQXSvIWdJYu8s-mMoZc6RYaO2N2tvhdDuf0fBz30DJSrw/s320/heptamer_letter.jpg" width="320" /></a></div>
<br />
ということで、少し前の「<a href="http://taguchi-hideki.blogspot.jp/2015/08/blog-post_12.html" target="_blank">東寺の紋</a>」に続く7のシンメトリーである「GroEL」もどきだ。本ブログのコンセプトを理解してくれた人たちからのギフトということで嬉しいものだ。<br />
<br />
他にも何か見つけたら教えてください。田口 英樹(東工大・研究院/生命理工)http://www.blogger.com/profile/04178909505454562195noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5591719214119573590.post-50257554181409768612016-09-07T21:48:00.000+09:002016-09-08T09:16:25.122+09:00新著紹介「池上彰が聞いてわかった生命のしくみ 東工大で生命科学を学ぶ」 一般の方、受験生へ向けての新著の紹介だ。<br />
<br />
<span style="font-size: small;">「池上彰が聞いてわかった生命のしくみ 東工大で生命科学を学ぶ」</span><br />
著:池上彰, 岩崎博史, 田口英樹(朝日新聞出版)<br />
→ <a href="http://publications.asahi.com/ecs/detail/?item_id=18376" target="_blank">出版元のサイト</a>(「立ち読み」あり)、→ <a href="https://www.amazon.co.jp/%E6%B1%A0%E4%B8%8A%E5%BD%B0%E3%81%8C%E8%81%9E%E3%81%84%E3%81%A6%E3%82%8F%E3%81%8B%E3%81%A3%E3%81%9F%E7%94%9F%E5%91%BD%E3%81%AE%E3%81%97%E3%81%8F%E3%81%BF-%E6%9D%B1%E5%B7%A5%E5%A4%A7%E3%81%A7%E7%94%9F%E5%91%BD%E7%A7%91%E5%AD%A6%E3%82%92%E5%AD%A6%E3%81%B6-%E6%B1%A0%E4%B8%8A%E5%BD%B0/dp/4022514051" target="_blank">amazon.co.jp</a><br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="http://publications.asahi.com/ecs/detail/?item_id=18376" target="_blank"><img alt="http://publications.asahi.com/ecs/detail/?item_id=18376" border="0" height="400" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjynfeZK3Hg0DfCAuNwZ7id1smnetnC6da0_xgn2JcBoJV60p9W0BimRzyJS0t02axPnxPnEu-7ZzEA-dp4_CWFYG5-icF54qSt7qx1j9uX7PzSpplY10U_fxK6gFN-6i9YOoYGyYjZrbo/s400/%25E6%25B1%25A0%25E4%25B8%258A%25E5%25BD%25B0%25E3%2581%258B%25E3%2582%2599%25E8%2581%259E%25E3%2581%2584%25E3%2581%25A6%25E3%2582%258F%25E3%2581%258B%25E3%2581%25A3%25E3%2581%259F%25E7%2594%259F%25E5%2591%25BD%25E3%2581%25AE%25E3%2581%2597%25E3%2581%258F%25E3%2581%25BF.jpg" title="" width="271" /></a></div>
<br />
この本では、ジャーナリスト池上彰さん(東工大特命教授)が問いかけた生命科学に関する疑問に田口と岩崎博史さん(東工大・研究院/生命理工)の二人が答え、さらに池上さんが一般社会との類似点などを指摘したりしてまとめる、という対談形式で生命のしくみのエッセンスを理解してもらう主旨である。<br />
<br />
以下、宣伝用の文章と章立て。<br />
<blockquote class="tr_bq">
暗記科目と思われがちな生物は、「分子の視点」で理解できる!? 遺伝子やゲノムなど、大人として最低限知っておくべき生物の知識について、池上さんが質問し、最先端の研究をしている東工大の教授が解説し、池上さんの視点で解釈する。</blockquote>
<blockquote class="tr_bq">
第1章:生きているって、どういうことですか<br />
第2章:細胞の中では何が起きているのですか<br />
第3章:死ぬって、どういうことですか<br />
第4章:地球が多様な生命であふれているのはなぜですか<br />
特別対談:どうして今、生命科学を学ぶのですか</blockquote>
実際に池上さんと行った対談を元に構成されているので、勢いがあるというか、臨場感にあふれている。これまでいろんな入門書で挫折してきた方々にもかなり読みやすいのではないかと自負できる内容だ。<br />
<br />
また、田口と岩崎さんだけでなく、ノーベル賞有力候補の大隅良典さん(東工大栄誉教授)にも一部ご参加いただき、専門のオートファジーの解説や生命科学を学ぶ意義について池上さんと熱く語り合っていただいた。<br />
<br />
ということで、執筆陣が全て東工大教員というのも強調したい。<br />
東工大は工学系で知られており、生命科学なんてあるの?という方もいるかもしれないがそんなことはない。田口と岩崎さんも所属する<a href="http://www.titech.ac.jp/about/organization/schools/organization05.html" target="_blank">生命理工学院</a>(受験時の分類では7類)は「幅広い分野から生命理工学を学べる国内最大規模の教育研究組織」ということで、実際、<a href="http://educ.titech.ac.jp/bio/faculty/" target="_blank">70以上の研究室</a>を擁している。受験生のみなさん、東工大7類の受験をぜひご検討ください(→<a href="http://admissions.titech.ac.jp/" target="_blank">東工大受験生向けサイト</a>)。生物について興味はあるけどよく知らないという受験生のあなた、7類の1年生の多くは生物学についてほぼ知らない状態で入ってくるのでだいじょうぶ。学びたい分野も受験の時点で決まってなくてもOKだ。あとで幅広い分野から選べる。ただ、生命についての入門は本書でしっかり勉強しておくのが望ましいかもしれない(!)。<br />
もちろん、修士や博士後期課程からの入学も大歓迎である。<br />
<br />
表紙で池上さんの写真のバックに見える図は何かわかるだろうか?<br />
これは、回転するタンパク質、ATP合成酵素の一部(F1部分)の立体構造である。<br />
この本では、「分子の視点」で生命を理解する、というのを主眼の一つにしているのだが、イキイキと動く分子の象徴が、生命のエネルギー通貨であるATP(アデノシン三リン酸)を合成するATP合成酵素というわけだ。実際、対談中にF1がくるくる回るようすを動画で池上さんに見ていただいたところたいへんに驚いていた。<br />
さらには、ATP合成酵素のF1部分が回転するのを証明したのが東工大という縁もある(恩師の吉田賢右ラボ(元東工大)と故木下一彦ラボ(当時慶應大)の共同研究)。<br />
<br />
以上、ありそうでなかったタイプの生命科学の入門書ではないだろうか。「生きている」とはどういうことなのか分子の視点で知りたい方、昔習ったはずだけどもう一度復習したい方には打ってつけの本である。このブログの読者に多いと想定される生命科学の研究者、大学院生なども、ぜひ手にとって、よいと思われたら周囲の方にお勧めしていただければうれしいかぎりだ。<br />
<br />
最後に、この池上さんとの本を読んでもう少し深めたいと思った方への宣伝。<br />
2年前に「学んでみると生命科学はおもしろい」田口英樹著(ベレ出版)を出版した。内容的には池上さんとの本とオーバーラップしつつも田口の考える生命観がより濃く出ているのでぜひどうぞ。( →<a href="http://taguchi-hideki.blogspot.jp/2014/03/blog-post.html" target="_blank">ブログでの紹介</a>、→ <a href="https://www.amazon.co.jp/%E5%AD%A6%E3%82%93%E3%81%A7%E3%81%BF%E3%82%8B%E3%81%A8%E7%94%9F%E5%91%BD%E7%A7%91%E5%AD%A6%E3%81%AF%E3%81%8A%E3%82%82%E3%81%97%E3%82%8D%E3%81%84-BERET-SCIENCE-%E7%94%B0%E5%8F%A3-%E8%8B%B1%E6%A8%B9/dp/4860643828" target="_blank">amazon</a> )田口 英樹(東工大・研究院/生命理工)http://www.blogger.com/profile/04178909505454562195noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5591719214119573590.post-46555583651881870282016-05-28T20:36:00.001+09:002021-05-05T23:31:38.043+09:00Snaak:カチカチと折りたたむ3Dパズル<span style="font-size: x-small;">(2016年5月28日掲載だが、更新しようとしたら消えてしまったので再掲)</span><br />
<br />
次もアメリカで入手したモノで立体造形パズルというかおもちゃである。Snaakというらしい。<a href="http://snaak.com/">snaak.com</a>によると、"3D puzzle and shape-maker tool."と定義されていた。<br />
<br />
日本では未発売のようだが、なかなか気持ちよくいろんなかたちを作ることができる。<br />
<br />
まず、一番の典型のキューブ型に造型してみる。<br />
写真ではちょっとわかりにくいが、4×4×4=64個のパーツがゴムでつながっていて、カクカク、カチカチと折れ曲がるようになっている。<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEh8FkHhMxb5GSRaIDQyYWf0NB_giwa1PtpOcux2gu_dcSyBSnlJE3_qNzeM8MMP0zYkuxXS5XJIsPqEieezVTXdvFm-6BYLOZFdFqB8E9roGbeL9HRrHTwICD1pUPiDUjDjdB6yZ_mGpdE/s1600/snaak6.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="400" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEh8FkHhMxb5GSRaIDQyYWf0NB_giwa1PtpOcux2gu_dcSyBSnlJE3_qNzeM8MMP0zYkuxXS5XJIsPqEieezVTXdvFm-6BYLOZFdFqB8E9roGbeL9HRrHTwICD1pUPiDUjDjdB6yZ_mGpdE/s400/snaak6.jpg" width="400" /></a></div>
<br />
では、キューブをバラして、「変性」させてみよう。<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhk7uwekYRgATwOKRiTmnQmWEeEwm939w3VOlIPZWYEdPtGvSJ0xFEt9FUwXWWkI9thXcuCE49aZ6uwMLKMgNBqe0CHi3r8oLoVKzpgfEpdY1GnRkAeamLXVZ_mz_c7pbqpwL3KjFcnRks/s1600/snaak7.jpg" imageanchor="1" style="clear: left; float: left; margin-bottom: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="200" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhk7uwekYRgATwOKRiTmnQmWEeEwm939w3VOlIPZWYEdPtGvSJ0xFEt9FUwXWWkI9thXcuCE49aZ6uwMLKMgNBqe0CHi3r8oLoVKzpgfEpdY1GnRkAeamLXVZ_mz_c7pbqpwL3KjFcnRks/s200/snaak7.jpg" width="200" /></a></div>
<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhpxf5bfRL2Vb-MWJaTc3pmoVTkoSqtWwmop143olK0DTqgYEqSZtj_3mNJw2b4aX1deUHI2-0tBhmSAQTSgB9w6ZbgqfS8fAF_HN1pajC6J607_HMxZhOVrFU3Z2bVuFffLSfKcGdEbLg/s1600/snaak2.jpg" imageanchor="1" style="clear: right; float: right; margin-bottom: 1em; margin-left: 1em;"><img border="0" height="200" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhpxf5bfRL2Vb-MWJaTc3pmoVTkoSqtWwmop143olK0DTqgYEqSZtj_3mNJw2b4aX1deUHI2-0tBhmSAQTSgB9w6ZbgqfS8fAF_HN1pajC6J607_HMxZhOVrFU3Z2bVuFffLSfKcGdEbLg/s200/snaak2.jpg" width="200" /></a></div>
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
購入時は8×8の平面状として販売されていた。<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiGnTyWYIopalS6j6e1a6VG5kukHeuF3d5CNxDLNeVRYigR5-tEvj4GQKj6a5OHDZVr3UwUwNAHovyaLHTvP-hGgkYS7kaHJ8YseNjtdcjVV079pG7hOC3rmzubqWl9SNTLaP1TyeNLacQ/s1600/snaak1.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiGnTyWYIopalS6j6e1a6VG5kukHeuF3d5CNxDLNeVRYigR5-tEvj4GQKj6a5OHDZVr3UwUwNAHovyaLHTvP-hGgkYS7kaHJ8YseNjtdcjVV079pG7hOC3rmzubqWl9SNTLaP1TyeNLacQ/s320/snaak1.jpg" width="320" /></a></div>
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiCPLrpdWnykx2-A2C5hzqPUq5xxA0E_rFQbgAGANiTrUihIjYlq5tR9QhbXscRcuxodDOybrThyphenhyphenfTRBA74AfUe23Xp4AMnwd9M9S5_IoYXueckj6EJceTsFaOUtEP0HRMigCNUxEQ4dHs/s1600/Snaak0.jpg" imageanchor="1" style="clear: right; float: right; margin-bottom: 1em; margin-left: 1em;"><img border="0" height="200" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiCPLrpdWnykx2-A2C5hzqPUq5xxA0E_rFQbgAGANiTrUihIjYlq5tR9QhbXscRcuxodDOybrThyphenhyphenfTRBA74AfUe23Xp4AMnwd9M9S5_IoYXueckj6EJceTsFaOUtEP0HRMigCNUxEQ4dHs/s200/Snaak0.jpg" width="200" /></a></div>
右がパッケージ。MOMAのミュージアムショップにて購入。<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEg-pijlnYQdMWOHhFsjGipqgpC07_kFyWvaC50zuXH_f1qIsRAFHpWyLgvsZHTpXm2ZjRP_XHSFFBZmE6ltoFzhyCsSm_1v5osPINAzZck133bzVKpPPz_Og1OrQiONXYEU6QQ3z-BeotU/s1600/snaak3.jpg" imageanchor="1" style="clear: right; float: right; margin-bottom: 1em; margin-left: 1em;"><img border="0" height="200" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEg-pijlnYQdMWOHhFsjGipqgpC07_kFyWvaC50zuXH_f1qIsRAFHpWyLgvsZHTpXm2ZjRP_XHSFFBZmE6ltoFzhyCsSm_1v5osPINAzZck133bzVKpPPz_Og1OrQiONXYEU6QQ3z-BeotU/s200/snaak3.jpg" width="200" /></a></div>
説明文として、<br />
Millions of shapes in your hands<br />
ということでかなりいろんなかたちを作ることができる。<br />
<br />
研究室のお茶部屋に置いておくとなかなか人気で、学生が日に日に違ったかたちを作ってくれる。<br />
<br />
<br />
<br />
売り場には透明、赤、緑があった。GFPや赤蛍光タンパク質を意識して緑と赤を購入。<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgbkocMZPvhmldu6UbMc6J154pK6wJfQYBGgOSN6JXwJI2SaMtMVh_Ll-IHhCfKlAHS5ZcU37rDbtwnlUNJO1TjdyBbiLjBGCcUi9VbBtbuq_dm0njtpjcVimSACDw7JL-_aQ2Jep2AklM/s1600/snaak_GR3.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="270" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgbkocMZPvhmldu6UbMc6J154pK6wJfQYBGgOSN6JXwJI2SaMtMVh_Ll-IHhCfKlAHS5ZcU37rDbtwnlUNJO1TjdyBbiLjBGCcUi9VbBtbuq_dm0njtpjcVimSACDw7JL-_aQ2Jep2AklM/s320/snaak_GR3.jpg" width="320" /></a></div>
<br />
緑と赤をそれぞれ GFPとRFP(Red Fluorescent Protein)に見立てると、FRET(蛍光共鳴エネルギー移動)バージョンを作ることも簡単だ。<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgZeztFDF4cyWqWhe4rWXyF8xhM7DJBWkULQe2r6kZk5KyVA8AdJTvnHZ0VAdgOuw6QM51m1pJ8yamlrRNBhhSvIIqs6U-nxgOfxj_55MPI9ud1PmgdwUqriqgN_HWaNpbU7IU-lMQb-3A/s1600/FRET2.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="160" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgZeztFDF4cyWqWhe4rWXyF8xhM7DJBWkULQe2r6kZk5KyVA8AdJTvnHZ0VAdgOuw6QM51m1pJ8yamlrRNBhhSvIIqs6U-nxgOfxj_55MPI9ud1PmgdwUqriqgN_HWaNpbU7IU-lMQb-3A/s320/FRET2.JPG" width="320" /></a></div>
<br />
真ん中の「ペプチド」領域がヘリックスを形成して緑と赤が近いと、エネルギー移動が起こって、緑蛍光を励起したとき、赤蛍光が出る。<br />
以下は、真ん中の「ペプチド」が伸びきって、GFPとRFPの距離が拡がり、FRETが起こらない。<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEherBtuA9HCPG43NUkjN65Nglq0FEYctw-fCgt-ftUn-9nMclCIHayyq7k5qW2L3PskohDqlCFwDuxDlKLfcreXFi8W4djqIZZpBzbZyCdEU09oNxPGcvmLrO2_tMsg5UwKsh_zLKXRMTk/s1600/FRET1.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="160" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEherBtuA9HCPG43NUkjN65Nglq0FEYctw-fCgt-ftUn-9nMclCIHayyq7k5qW2L3PskohDqlCFwDuxDlKLfcreXFi8W4djqIZZpBzbZyCdEU09oNxPGcvmLrO2_tMsg5UwKsh_zLKXRMTk/s320/FRET1.JPG" width="320" /></a></div>
<br />
それはさておき、開発元を見ると多様なかたちが紹介されている。<br />
(→ <a href="http://www.snaak.com/blogs/shapes/34180292-snaak-geometry-by-gideon-cube-sherman" target="_blank">Snaak Geometry by Gideon Cube-Sherman</a> )。<br />
<br />
そのサイトにはDNA二重らせんもある(→<a href="http://www.snaak.com/blogs/shapes/34178820-double-helix-by-dane-christianson" target="_blank"> Double Helix by Dane Christianson </a>)。<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="http://cdn.shopify.com/s/files/1/0787/4669/files/snaak_shape_doulbe_helix_by_dane_christianson.jpg?1812939310640733154" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="320" src="https://cdn.shopify.com/s/files/1/0787/4669/files/snaak_shape_doulbe_helix_by_dane_christianson.jpg?1812939310640733154" width="239" /></a></div>
<br />
さらには、そこにあった動画も載せてみる。カチカチ感が伝わるかもしれない。<br />
(説明の音声注意)<br />
<br />
<br />
<iframe allowfullscreen="" frameborder="0" height="228" src="https://www.youtube.com/embed/w1f_aohaTT0" width="384"></iframe><br />
<br />
<br />
ーーーーー<br />
2017年7月追記<br />
このオモチャはラボでも相当に人気があって、実にいろんなカタチを学生たちが創ってくれる。<br />
<br />
<br />田口 英樹(東工大・研究院/生命理工)http://www.blogger.com/profile/04178909505454562195noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5591719214119573590.post-3892778437876195032016-05-21T22:40:00.000+09:002021-05-05T23:30:05.486+09:00Playable ART Ball でカラフルな「ポリペプチド」アート 海外に行くと紹介するネタが増えるのが常である。<br />
<div>
先月アメリカのCold Spring Harbor Laboratoryのミーティングに出かけた際にもいくつかネタを入手した。<br />
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<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEi6bay5j9n7NC5qkVKiMjs3hCbSax1a2BunUtW7ICwN7ltnDRZ010ShjfQnr2Vlv0FC5zALJDKXGfYUgjnZrkcx3K2Z4NbZiSt-W3xEZXpxWX1Qm7JTu3egw7ZfwFL4ED_IwiUOiN_8-2E/s1600/playballart2.jpg" imageanchor="1" style="clear: right; float: right; margin-bottom: 1em; margin-left: 1em;"><img border="0" height="200" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEi6bay5j9n7NC5qkVKiMjs3hCbSax1a2BunUtW7ICwN7ltnDRZ010ShjfQnr2Vlv0FC5zALJDKXGfYUgjnZrkcx3K2Z4NbZiSt-W3xEZXpxWX1Qm7JTu3egw7ZfwFL4ED_IwiUOiN_8-2E/s200/playballart2.jpg" width="200" /></a> まずは、Playable ART Ballという木製のボールが連なったおもちゃである。<br />
カラフルなボール一つ一つをアミノ酸に見立てれば、つながっている状態は「ポリペプチド」である。<br />
ショップ(<a href="https://www.momastore.org/" target="_blank">MOMA museum shop</a>)での展示品や箱に入っている状態はリング状になっているが、切り離せば一本のヒモとなり、より「タンパク質」らしくなる。<br />
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<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiNt5UUU1Wuni1tzMYmpsfAE3UMcDu9L83-Kdf-2ppjLYrDoIsX6DIjoYJnRiUDH4Ji3TfLSWElfC5a0yYBZ_P3DkyqRc5hAhOjmP8-mdzDb7u_EG-iuj84qqbi-pcvVi_vbk7d0700Aeo/s1600/playballART3.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiNt5UUU1Wuni1tzMYmpsfAE3UMcDu9L83-Kdf-2ppjLYrDoIsX6DIjoYJnRiUDH4Ji3TfLSWElfC5a0yYBZ_P3DkyqRc5hAhOjmP8-mdzDb7u_EG-iuj84qqbi-pcvVi_vbk7d0700Aeo/s320/playballART3.jpg" width="320" /></a></div>
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<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgB0BT9b5pmN7G7L2rLWQEPplL0XbUT0zVVLx1sve3uQ46MC_AkXkHtxzfDJz_3ELI3RTQ1o9Uz_3KpLSuX6roGr2CLAYKYEsWLm6VcczYnPpjlEZ8ktp3w89ZCDczunsbs-_kmEUVgANA/s1600/playableart6.jpg" imageanchor="1" style="clear: right; float: right; margin-bottom: 1em; margin-left: 1em;"><img border="0" height="200" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgB0BT9b5pmN7G7L2rLWQEPplL0XbUT0zVVLx1sve3uQ46MC_AkXkHtxzfDJz_3ELI3RTQ1o9Uz_3KpLSuX6roGr2CLAYKYEsWLm6VcczYnPpjlEZ8ktp3w89ZCDczunsbs-_kmEUVgANA/s200/playableart6.jpg" width="200" /></a> ボールは20個。いろんな形を作ることができる。<br />
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ダブルリング構造。二層と言っても、2つの独立したリングを重ねているわけではなく、一本のリングからこのダブルリングを作っている。<br />
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<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiJAol-fdRKB7-R-mEo2yNatRrBY9O_WD29Uk88KPLtWx1JwaU4ZRFRaTOFZ186Ae6VDPrWymvBAVnWPQAB9Qr0e533GeyMG1k-YLkK_RM_ChzEdXMPJQFqRmyrQngGkybDNVb1GawaYgY/s1600/playableart8.jpg" imageanchor="1" style="clear: left; float: left; margin-bottom: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="200" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiJAol-fdRKB7-R-mEo2yNatRrBY9O_WD29Uk88KPLtWx1JwaU4ZRFRaTOFZ186Ae6VDPrWymvBAVnWPQAB9Qr0e533GeyMG1k-YLkK_RM_ChzEdXMPJQFqRmyrQngGkybDNVb1GawaYgY/s200/playableart8.jpg" width="200" /></a></div>
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写真ではサイズ感はわかりにくいが、ボール一つの直径が3cmくらいなので全体としてはけっこう大きく、重量感たっぷりである。適当に形を作って置物にして飾ってもいい感じだ。<br />
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<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgQhZQdG4-XrVOP-NiNdifkfjNYocQhTD-AjbtG56yabQ_386dWdGWEN9yvVaGzIVf5FVoho4jA0_V_v6A-gAzWvL_0Wu_tG2C1KIysYhXGwWS1JUaYejb7AwdZ7r6silwrCTSo-6gv8kc/s1600/playableart5.jpg" imageanchor="1" style="clear: left; float: left; margin-bottom: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="200" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgQhZQdG4-XrVOP-NiNdifkfjNYocQhTD-AjbtG56yabQ_386dWdGWEN9yvVaGzIVf5FVoho4jA0_V_v6A-gAzWvL_0Wu_tG2C1KIysYhXGwWS1JUaYejb7AwdZ7r6silwrCTSo-6gv8kc/s200/playableart5.jpg" width="200" /></a></div>
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ボールを切り離したところ。<br />
連結部はあまり動かない仕組みであることがわかってもらえると思う。<br />
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購入時の箱の裏面にいろんな形が書いてある。</div>
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<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjooUAxc92fUuLLV9vp6K-9uVTFNKaOD5gmBKPkmMpZ27lEVI16-5r0qcmghH_plOlmLwtUiuun3KqLCP7LfaCvuGeoi9na5SLAeNk6ixhzdr9IUq_0VRoEwcSfixJL3QaTStx_3EsxoOU/s1600/playballART4.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="400" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjooUAxc92fUuLLV9vp6K-9uVTFNKaOD5gmBKPkmMpZ27lEVI16-5r0qcmghH_plOlmLwtUiuun3KqLCP7LfaCvuGeoi9na5SLAeNk6ixhzdr9IUq_0VRoEwcSfixJL3QaTStx_3EsxoOU/s400/playballART4.jpg" width="400" /></a></div>
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日本内でも入手可能なようだ(Google "プレイアブルアートボール")。</div>
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<a href="http://item.rakuten.co.jp/antdesignstore/playableartball/" target="_blank">ネットショップ</a>の中に動画があり、リンクをはれるようなので以下に載せてみる。</div>
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<object align="middle" classid="clsid:d27cdb6e-ae6d-11cf-96b8-444553540000" codebase="http://fpdownload.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=9,0,115,0" height="286" id="pluginplayer" width="320"><param name="allowScriptAccess" value="always" /><param name="movie" value="http://stream.cms.rakuten.co.jp/swf/BREPlayer.swf?mid=1131588&vid=0&alu=pt.afl.rakuten.co.jp/c/14ef5eff.f70bda7f/_RTstrm00100020?url=http%3A%2F%2Fwww.rakuten.ne.jp%2Fgold%2Fantdesignstore%2Fa7072mv.html%3Fscid%3Dwe_ich_strm_itemvideolink020" /><param name="quality" value="high" /><param name="bgcolor" value="#000000" /><embed src="http://stream.cms.rakuten.co.jp/swf/BREPlayer.swf?mid=1131588&vid=0&alu=pt.afl.rakuten.co.jp/c/14ef5eff.f70bda7f/_RTstrm00100020?url=http%3A%2F%2Fwww.rakuten.ne.jp%2Fgold%2Fantdesignstore%2Fa7072mv.html%3Fscid%3Dwe_ich_strm_itemvideolink020" quality="high" bgcolor="#000000" width="320" height="286" name="pluginplayer" align="middle" allowScriptAccess="always" type="application/x-shockwave-flash" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer"></embed></object></div>
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木製の質感やカラフルさもあいまって、そばに置いてあるとついいじりたくなる代物だ。小さな子供のおもちゃにもうってつけである。<br />
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田口 英樹(東工大・研究院/生命理工)http://www.blogger.com/profile/04178909505454562195noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-5591719214119573590.post-43975381154026151962016-05-15T17:20:00.001+09:002021-05-05T23:30:19.387+09:00新設の細胞制御工学研究ユニットに所属変更この4月に東工大では大きな組織改革があり、それに伴って所属の変更があった。<div>
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これまでの大学院 生命理工学研究科から科学技術創成研究院 細胞制御工学研究ユニット へ移ったのである。ただし、生命理工から離れたわけではなく教育は生命理工学院担当のままだ。</div>
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大学改革は大きく<a href="http://www.titech.ac.jp/education/reform/index.html" target="_blank">教育改革</a>と<a href="http://www.titech.ac.jp/news/2016/033784.html" target="_blank">研究改革</a>に分かれ、前者では学部と大学院が統一・再編されて「学院」が創設、後者では研究所が全て「科学技術創成研究院」に組み込まれたのに加えて、最先端研究を小規模のチームで推進する「研究ユニット」が設置された。</div>
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この研究ユニットの一つが大隅良典栄誉教授をユニットリーダーとする細胞制御工学研究ユニットであり、そこに移ったということだ。</div>
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細胞制御工学研究ユニットHP:<a href="http://cell-biology.jimdo.com/">http://cell-biology.jimdo.com/</a></div>
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既に先月このユニットの設立シンポジウムが開催された。</div>
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<img alt="http://cell-biology.jimdo.com/%E3%82%AD%E3%83%83%E3%82%AF%E3%82%AA%E3%83%95%E3%82%B7%E3%83%B3%E3%83%9D%E3%82%B8%E3%82%A6%E3%83%A0/" border="0" height="400" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEicv9KrtyGmxZrtiohtNopYu0U7MQIGkbP7kGD6jnLikjhT6QD6onPhzNMpwj94BnpJYH2zK5O8FlZj1rOpXVDjx6M40YBV3j8qTXHgEjsV_gd72lAJDi0jWpN8_x4iCk-8ulLip2y7hUo/s400/20160416_RCB_kickoff.jpg" style="margin-left: auto; margin-right: auto;" width="285" /></div>
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<span style="text-align: start;">このポスターはユニットの木村研ポスドクの佐藤さんが写真撮影も含めて作ってくれたもので、</span>このブログネタにぴったりである<span style="text-align: start;">。写真に登場する小道具のうち右から2番目の「細胞」以外の3つの「タンパク質」を提供した。左から、</span><a href="http://taguchi-hideki.blogspot.jp/2013/07/blog-post.html" style="text-align: start;" target="_blank">GroEL</a><span style="text-align: start;">、</span><a href="http://taguchi-hideki.blogspot.jp/2015/12/tangle-proteins-building-set_19.html" style="text-align: start;" target="_blank">ユビキチン</a><span style="text-align: start;">、一番右がGFPだ。GFPについてはまだ紹介していないが最近講義用に大学予算で作ってもらったもの。なお、右から2番目の透明の筒に赤い毛糸玉が見える「細胞」は佐藤さんが作った凝ったもので、核、小胞体、ゴルジ体などが毛糸やパスタで表現された秀逸な作品である。</span></div>
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田口 英樹(東工大・研究院/生命理工)http://www.blogger.com/profile/04178909505454562195noreply@blogger.com0